ドキュメントを開かない状態で登録すれば、その後に作成したすべての
ドキュメントで登録したスウォッチを使えます。

ボクは必要に応じて登録するようにしています。

別の方法としては、Illustratorのオブジェクトをコピーし、InDesignにペーストすると
Illustratorで使用しているカラーがスウォッチに登録されます。
なのでInDesignのスウォッチに登録したいカラーを、あらかじめIllustratorのオブジェクトとして作っておくのも1つの方法です。
ただしこのこの方法は、新しいドキュメントを作るたびにコピー＆ペーストしなくてはならないのと、
グラデーションだとペーストできません。

やはり何もドキュメントを開いていない状態でスウォッチに登録しておくのがベストかと…。

私も必要に応じて登録しています。
配色セット（例えば、和風とか春夏秋冬とか）書類を作っておいたり。
使う色がだいたい決まっているなら、スクリプトで作成させても良いかもしれませんね。

蛇足：
イラレで必要な色を書類上に並べて、インデザインにコピペすれば、その色がスウォッチに入ります。
イラレ10ならクリップボードの形式をAICBにしておく。
PDFだとスウォッチには入りません。

アプリケーションインデザインフォルダのSwatch Librariesを見ると、イラレアイコンが並んでます。
ちょっとだけ試してみましたが、イラレ８のEPSファイルなら新規カラースウォッチ作成時に、カラーモード→その他ライブラリーからその書類のスオッチにアクセスできました。
私はMacOS 9.2.2
InDesign 2.0.1
Illustrator 10.0.3です。

書いてる間に、YUJIさんの書込が。
内容が、ややかぶってます。
失礼しました。

早速のレスありがとうございました。
ホント、レスが早いのでビックリしました。
本屋に行って調べるよりよっぽど早いですね。（笑）

いや、本屋に行かなくてもマニュアルに書かれているかと。。。

AI用カスタムメイドのカラースウォッチを作成してWebで公開している方
がいるのですが、現在はひっこめてしまったのか確認できませんでした。
そのスウォッチライブラリをInDeisgnのSwatch Librariesに入れておけ
ばスウォッチの登録時にそこから任意の色をひっぱれるので便利かなと思っ
て紹介しようと思ったのですが。。。
現在はもう公開していないのか打診中です。

http://www.iwahiro.com/d/
↑ここのTrashコーナーのダウンロードにColorChartという
AI 8.0用のスウォッチがあります。
これをInDesignのSwatch Librariesに入れておけばカラーを
追加するときにポップアップから「ColorChart」を選択すれば
かなり楽になるかと思います。

たびたび、ありがとうございます。
早速、ダウンロードさせて頂きました。