InDesign2.0ですと、地道に検索してペーストするくらいしか思いつきません。
InDesign CS3からは正規表現が可能なので、こんな感じで一度に全置換できます。

検索：(?<=CO)2\b
置換：+上付き文字

出現数にもよりますが、多いなら、ローテクですが段階を踏んで検索置換するのはどうですか？

CO2     →  CO<<2>>　（<< >>は任意）
<<2>>   → 下付き
<< と >>→ 削除

うる覚えなのですが
2.0は置換形式を指定できないのでしたっけ

>> mgさん
> 2.0は置換形式を指定できないのでしたっけ
1.0の時からできますよ（私は2.0からのユーザーですけど）
http://study-room.info/id/study/main/study54.html
CS以降のバージョン同様、置換形式で基本文字形式や詳細文字形式を指定できます。

mgさん

<<2>> → 下付き

残念ながら置換形式で下付き指定はできない様です。（プルダウンメニューにありません）やっぱりローテクでペタペタするしかないんでしょうか…（泣）

ん？
2.0をはっきり覚えていないので断言はできませんが。。。
レスNo.1500のリンク先にある、ここのStudyRoomはご覧になりましたか？（ダイアログは1.0のものですが）
その中で、「基本文字形式」が選べると思うのですが、それの「位置」の中に上付文字や下付文字が含まれているはずです。

いきさん！！！
ありがとうございました。
ちゃんと根気よく詳細設定を行ったところ、思ったように変換する事ができました。
ポイントはmgさんのおっしゃるとおりにCO2でまず変換してしまって,COを戻すというやりかたでした。
２だけを変換しようとすると山ほどヒットしてしまうので！

感動です。助かりました。

> ポイントはmgさんのおっしゃるとおりにCO2でまず変換してしまって,COを戻すというやりかたでした。

いや、それはmgさんの書き込みに対してやや誤解なさっているのではないかと。

１．
検索：　CO2
置換：　CO<<2>>

２．
検索：　<<2>>
置換：　2　　　　※置換形式：下付き