仕様じゃなくてバグだと思います。

以前に、山崎さんも同様のレポートをされています。
http://www2.rocketbbs.com/11/bbs.cgi?id=thats&mode=pickup&no=483

InDesignのユーザー設定の中の「Find-Change Queries」フォルダの中にそれぞれのクエリがxmlで保存されています。
「ReplaceFormatSettings」要素の「TextAttribute」を書き換えればいいんでしょうけれど、属性がいまいちよくわからない。保存できないから^^

どんな異体字を変換したいのか不明ですが、字形検索＆置換ではダメですか？
たくさんあるようなら、クエリの連続適用ってのを書きましたので、試してみてください。
http://d.hatena.ne.jp/seuzo/20080725/1216913353

レスありがとうございます。
過去ログ見てませんでした、すみません。
そうですか、バグなんですね。
残念。

字形の検索置換ではなく、置換形式の異体字を使っている理由としては、一つのドキュメント中で複数の合成フォントを使用していて、そのすべてを検索置換したいからです。
字形の検索置換だと検索の方にフォントを指定しないといけなくて、そうすると複数回の作業が必要で、クエリの数も増えてしまうので（必ず異体字に変換する文字も複数あるので、さらにクエリの数は増える）。

ですが、せうぞーさんのスクリプトを使わせていただければ、クエリの数が多くても一括で出来るので、これは大変ありがたいです。
早速使わせていただこうと思います。