たぶん、1回もPostScriptを介していないんじゃないですか？
つまり、アプリケーションから直接出力したPDFだけで全ての
作業が行われているのではないでしょうか。
最終出力に使うPDF（InDesignで面付け状態？）を作成する際、PostScriptから
Distiller経由ではどうなるでしょうか。

＞この様な事って製作の環境やら？ソフトのバージョンの違いから起こりうる事なのでしょうか？

RIPの問題かも。。。
CPSI型とAPPE型で違うんじゃないですかね。

過去に、いろいろなPDF面付けシステムの検討をしたことが
ありましたが、InDesignや、内部でInDesignを利用したPDF
面付けシステムは、貼り込まれたPDFを再解釈するような動
作をすることが見られております。

出来るならば、PDFが再解釈されるのを回避したり、PDF以外
の形式に書き出して固定したものを配置するなど、面付けの
仕組みを検討するのが事故防止になると考えています。

Trueflowであれば、最初にPDFからOutlinePDFに変換してし
まい、それをTrueflow上でページ立て、面付けする方法をと
られるのがよろしいかと思います。

確かに1回もPostScriptは介していません。
Distillerで試したいのは山々なのですが・・・
刷版（従来からDTPをしていない会社でCTPを導入すると？）
Distillerが無いのです。
最終出力であるTrueflowで面付けから出力まですると文字ズレが起きない事は判っていたのですが・・・
ページ物ならTrueflowの恩恵がかなり味わえるのでしょうが、
付け合せ（別サイズのドブ変更など多岐にわたる）が多いわが社では、Trueflowは最終出力先程度の認識です。
途中の作業、刷版設計はIDに頼らざるえない状況で・・
PostScriptをページ立ての時に出力してPSをIDにて面付け出力作業をして見たところ・・・
文字ズレが出ませんでした。
IDでPSを多面つけで回避できそうです。

しかし、なぜ？一度目のPDF出力ではならないのか？は謎です。全部に起こるなら判る気がするのですが？？

どうも回答ありがとうございます。
私はSCREENからのPDF出力パッチは、PSもPDFも同じ結果なのかと思っておりました。
会社にはDistillerを早期に購入するよう交渉したいと思います。

どうもありがとうございました。感謝

追伸、Trueflow RiteゆえoutlinePDFは出力できないのですよ。
まー設備なんて上層部のやる事ですからね。（＾＿＾）

又、何かありましたら宜しくお願いいたします。

感謝

自分の経験ですが先方から支給されたPDFのバージョンによる可能性もあります。
初代のインデザインCSから書き出したPDFやAcrobat6.0のDistillerで変換したWordのPDFで同じような現象が（面付けで回転させると特定の文字がずれてしまう）ありました。
CS2から書き出したPDFやAcrobat7.0では大丈夫でした。
自分の環境のみの現象かもしれませんが。