複数の人というのは、同じ職場の方ですか？
仮にそうでないとしても、共同作業を始める前にファイル名の付け方のガイドラインを制定しておけば回避できる問題では？

と、ここまでかいてからふと思ったのですが。
複数の方は、それぞれ作成したパーツをInDesignに貼った状態であなたにデータを渡したということですか？

複数のパーツの数や重複するファイルの量にもよりますが

複数のパーツを予めパッケージしておいて、
Links内のファイルををひとつのLinksフォルダ
にまとめて重複を省いてから合体させるのはどうでしょうか？

ああ、これありますよねぇ。
私も不満でしたが、今は、諦めるか、
重複分をあえて捨てて、ドキュメントを開くときに
ファイルがないといってくるので、更新し直したりしてます。

同じドキュメント内で使われている画像などのファイルは
問題ないのですけど、たとえば複数のドキュメントのマスターページで
統一的に使われている画像などに連番がふられて重複していってしまうのは
どうなのかなと思いますね。

が、事故防止のためには必要な機能なのかも、とも思いますので、
これは運用で切り抜けるしかないんではないかと。

困るのは、最終的にパッケージして保存されたデータを
再利用しようとしたとき。
Linksフォルダに連番がふられたファイルがいっぱいあったりして、
「これは要るの？　要らないの？」という判断はかなり難しいです。

ファイル名でしか判断していないのでこうなるってことでしょう。
中身まで評価してくれたらこうはならないんでしょうけど、
パッケージにとてつもなく時間がかかりそう(^^;)

うちでは
ネットワーク経由でパッケージすると起こります。

ネットワークを経由しなければ
この現象が起こったことがありませんが、
他にも何か原因があるのでしょうか？

別々のドキュメントに、同じ画像を配置します。
それらのドキュメントをブックに登録。
ブックパレットのメニューからパッケージを実行します。

すると、ひとつのLinksフォルダに、同じファイル名の画像が収集されるので、
上書きによる事故を防ぐため、同じ名前のファイルには
ファイル名の後ろに連番がふられます。

>上書きによる事故を防ぐ
ファイルが増えるよりも、こっちの方が重大だと思うので、この仕様は致し方ないのでは。
どうしても気になるなら、パッケージ後に重複分を捨てて再リンクすればいいわけだし。
うちでは、共通部材はサーバにおいて必ずそこからリンクするようにしています。（ドキュメントごとに用意しない）

共通パーツがサーバ上で運用できるなら
それらを別レイヤーにして、パッケージの時に
非表示にしてパッケージしない（絶対リンクのまま）
という手もあります。