わたしも（自分でフォーマットを作るときは）すべてpointを使用しています（ページサイズも文字サイズも）。
単純にその方が計算が少ないし、作業も早いし、ソフトウエアと出力デバイスとの整合性もいいと思っています。
だがしかし！　「４で割ったり掛けたり、いろんな単位を使った方がやりやすい」と固執する方々も多くいらっしゃるのも事実。最初に学んでしまった「慣れ」は、なかなか修正できないものです。


で、みみさんのポストは２つのことを聞かれていらっしゃるように拝見しました。
A）単位系は「pt」を使うべきか、「級・歯・ミリ」を使うべきか？
B）マスターページは「マージン」優先にすべきか、「本文版面」を優先するべきか？

Aについては、もう「好み」という他はありません。わたしは前述した通りPt派ですが、mm単位系でやってきた人に、どれだけよさを説いてもわかっては貰えないと思います。（経験的に）逆ギレされるのが関の山。ここはひとつ「好み」ってことにして、お互いに干渉しないように、と（笑

Bについてもやはり「好み」です。みみさんはおそらく、マージン優先だと、行長が文字サイズの倍数にならないのを気になさっているかもしれませんが、それとて計算すれば両立できます。つまり同じことです。
さらに、本文中にアルファベットや数字などのプロポーショナルピッチな字形が出てくれば、文字組みアキ量を含めて文字サイズの倍数ではなくなります。
わたしはマージン優先でキメますが、本文の版面は標準文字サイズの倍数になるようにしています。けれど、英数字は普通に入ってくるので、気休めですかね^^

> インデザイン自体が適当でいいソフトなんでしょうか？

いや、そんなことはないですよ。
きちんと設定するかどうかは、個々人によるのではないでしょうか。

また、ミリをつかうか、pointを使うかも、個人の好みじゃないかと思います。
ちなみに、ポイントで入力したい場合には、「20pt」といったように数字の末尾に「pt」を入力することも可能です。

せうぞーさんへ

おっしゃるとおり、「ミリ」で作業している人にいくら言っても、意地の張り合いになってしまいました。


YUJIさんへ

「ｍｍでもpintでも入力すればいいんだ」と言っても
「ポイントだとイメージが湧かない」と言い張ってました。


自分のパソコンでの作業は臨機応変で設定していこうと思います。

ありがとうございました。