Windows Vista(Indesign CS3)
上記の環境において、ページものを作成しております。

流れとしては、お客さまからのデータ入稿→テキスト変換→流し込みという作業です。しかし特殊文字や検索置換が面倒なため、当社では主にPerlにて一度テキスト整形をし、そのテキスト（タグ付きテキスト）を流し込んでおります。
予め、スタイルを作成しておき本文（というスタイルで）一度すべて流し込みます。
しかし、配置からそのテキストを選び、あらかじめ作成しておいたひながたに流し込むと全て上付き文字（カラーマゼンタ）になってしまいます。
たぶん環境設定が悪いのか、デフォルトがそうなっているのか。自分でも会社の人間にもわかりません。ちなみに流し込む前はちゃんとスタイルを本文にし、文字スタイルなしなどにはしてあります。

よろしくお願いいたします。何かわかりますでしょうか。