お使いの環境・書体等がわかりませんが、OpentypeのPRO版とSTD版の違いではないでしょうか？

その文字でしたらユニコードで検索置換すればOKでは？

検索文字列　　　置換文字列
連　　　　　→　　<F99A>
者　　　　　→　　<FA5B>

この文字はPro版じゃないとないですね。
ちなみに［者］は字形パレットのオプション［旧字体］にチェック入れて
も点付きになりますね。

>検索文字列　　　置換文字列
>連　　　　　→　　<F99A>
>者　　　　　→　　<FA5B>

これができるのってヒラギノだけでは？　モリサワやフォントワークスは
知りませんが。
小塚Pro（2.0付属品）ではできないです。グリフは用意されて
いますが。
結局、グリフ番号とUnicode番号の対応表が、各フォント（あるいはメーカー）
によって違うため、このような“できる、できない”の問題が
おきるのではないですか。

>これができるのってヒラギノだけでは？　モリサワやフォントワークスは
>知りませんが

あぁ失礼失礼。ヒラギノのみって書くの忘れました。
モリサワ、FW共にAdobe準拠で出来ません。

>結局、グリフ番号とUnicode番号の対応表が、各フォント（あるいはメーカー）

正確にはOTFフォント内部にあるUnicode・cMapの違いです。
簡単にアップデートできるはずですが、それを各ベンダーがやるかどうか
ですねぇ。

>正確にはOTFフォント内部にあるUnicode・cMapの違いです。

自作フォントでテストしてみました。
とりあえずOTFフォント内部のcMap違いかぁ。ふーむ。
これならやっぱりグリフIDによる検索置換が出来ればなぁ(笑)