Indesign CS3ですと、セルスタイルを使用して作られていたりすると設定を変えるだけで罫線の幅も変えられます。
そういった作り方でないとすると、スクリプトで変える方法があります。
以前、PsychoCatさんがMac用に書かれたものがありますので、誰かがJSに書き直していたりするかもしれません。
http://psychocat.net/scriptNote/files/article.php?id=2

せいぞーさん。早速のご回答ありがとうございます。実は、この作業クライアントからの持ち込みのデータでスタイルを当てていないデータでした。一度、手作業で修正したのですが、クライアントが差し替えととしてデータを新たに持ち込みました。うんざり。良い解決方法がないかと思い投稿しました。以前も同じようなことがあり、AppleScriptは見つけたのですが、JSは見つかりませんでした。もう一度探してみます。