> アンインストールやインストールを繰り返しているうちに

そのへんに問題がありそうな気がします。
sourceforge.jpさんの「完全なアンインストールの方法は？」
http://sourceforge.jp/projects/esther/wiki/%E5%AE%8C%E5%85%A8%E3%81%AA%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%AE%E6%96%B9%E6%B3%95%E3%81%AF%EF%BC%9F
を参考に、CS2以降のファイルを完全に削除した上でアップデートしても3.0.1.838にできませんか？

あと、Adobeサポートのアップデータダウンロードページを見ると、
http://www.adobe.com/jp/support/downloads/2448.html
> Mac OS X バージョン 10.2.4 ? 10.3 日本語版
となっています。まあ、これは必要システム構成なのでMac OSXバージョン10.4以降では使えないという意味ではないと思いますが。（実際、以前は使われていたんですよね）

ご丁寧にご連絡ありがとうございます。
Adobeのサイトからアンインストール方法を検索して、いろいろやってみてはいたのですが、InDesignが3.0.1になってくれません。
アンインストーラーでやるべきものはやってみましたが、もしかしたら、どこかにPreferenceなどの痕跡が残ったままになっているのかも知れないですね。

> アンインストーラーでやるべきものはやってみましたが、
Macのことに詳しくないWindowsユーザーなので見当違いなことを言ってしまうかもしれませんが……。
MACのアンインストールって、たしかゴミ箱に入れるだけですよね？（違ってたらご指摘を）

アンインストール用ツールとして、
AppTrap　とか
http://netafull.net/macsoft/021097.html
AppCleaner　あたりを使われたのでしょうか。
http://lovemac.moe.in/mac_hunter/?p=317

そういったアンインストーラーがどこまで面倒を見てくれるのかわかりませんが、レスNo.2424のsourceforge.jpさんのリンクにあるフォルダが残っているかどうか確認しましたか？

>MACのアンインストールって、たしかゴミ箱に入れるだけですよね？
いいえ、アプリケーションによって異なります。
Adobeアプリケーションはあちこちに関連ファイルを保存しています。
しかし残念ながらすでにInDesign CS（3.x）はインストールすらしていないので（そしてすっかり忘れているので）、状況が分かりかねる状態です。

>アンインストール用ツール
こうしたものは使わないのが吉です。インストールログなどを手がかりにしていると思いますが、バージョン間で重複していたりすると思わぬ副作用があります。特にAdobe Creative Suiteのような複雑なプロダクトでは。

この現象はおそらくメシエさんの推測どおり、なにかしらのログが残っているからでしょう。正しくアンインストールしていないからだと思います。
ちょっとCS資料など調べてみますが、あまり期待しないでください。
最終手段は、システムの再インストールです。きっとそれがすっきりとした解決ではあります。

インストーラーの「お読みください」には、
>アプリケーションフォルダを選択し、[ゴミ箱] にドラッグします。
とありますが、これは完全なアンインストールではありません。
アプリケーションの設定も、ライセンス認証も、コンポーネント類もおそらく残ったままです。Adobe Updaterの情報も残っています。
じゃあ、どうすればいいのか？
１）Adobeのサポートに聞く（有料サポート）
２）システムの再インストール
３）インストールログを解析して、トライ＆エラー
となります。どなたか、よい情報をお持ちであるといいのですが。