はじめまして。
同じように作業してみましたが削除できました。
どういう状況でそのようになったのでしょうか。

はじめまして。よろしくお願いします。
…正直いって「気がついたらなってた」という感じなんです。
もちろん削除できるものもあったのですが、どういうわけか１・２個削除できないものがでてきた感じなんです。設定を変更した憶えもありませんし、他の色と同じように作業をしていてそうなってしまったんですが…。

スウォッチパレットの「未使用をすべて選択」で、そのスウォッチを選択できませんか？
選択できれば、削除できると思いますが、
選択できない場合は、どこかでそのスウォッチが使用されているのだと思います。
例えば、スタイル中とか、Study Room 2.0J No.84のようなケースとか…

はじめまして。YUJIさん。よろしくお願いします。
作成しているデータは出来上がりの雰囲気をつかみたいために特色を使用して作業しています。弊社のシステムの都合上、作業終了時に特色からCMYKに変換してデータを渡すのですが、使用しているスウォッチを削除しようとすると『何色に置き換えますか』というメッセージがでると思います。その作業をしたく、削除できる方法を探しているところなのです。…それと誠に申し訳ないのですが『プリフライト』とはなんすか？それに色が載っているとどういう不都合があるのですか？

特色をCMYKに変換したいのなら、削除しなくても
スウォッチパレットの目的の特色をダブルクリックして、
カラーモードを「CMYK」に変えればいいのでは。

プリフライトとは、ひとことで言うと「作成したデータに問題がないかチェックする機能」です。
詳しくは、マニュアル等を読んでみて下さい。

何度もすいません。
「特色」を「４色」に変換するのではなく、「特色」を「１色」にして、印刷で「特色刷り」にしたいんです。なんか、面倒なことをいってしまってすいません。

「プリフライト」の説明ありがとうございます。やっと意味がわかりました。勉強不足ですいません。

貼り込み画像でスポットカラーを使用しているものがありませんか？
貼り込み画像に使用されているスポットカラーは削除等はできません。
作成元のアプリケーションでの編集が必要です。

ああ～なるほど。特色をCやMのプロセス1色にしたいんですね。
ならば、先程説明した方法でカラーモードをCMYKに変更した後、
スライダでCやMの1色に変更してはどうでしょうか。

【KOUJIさんへ】
ありがとうございます。貼込み画像に特色を使用してました。プロセスカラーに置き換えたら１個だけ削除できました（ちなみに２個ありました）。でももうひとつがどうしても削除することができません。貼込みのリンク情報を確認しても特色を使っているデータは存在していません。他に何か可能性はありますか？

【YUJIさんへ】
ありがとうございます。でも、それもひとつ問題が含まれていて、「特色100％」を（CMYK）に変換して「プロセス（どれか１色が）100％」にならないので、もう一度（使用する色を決めて）濃度のパーセンテージを入力し直していかなければならなくなるのです。　でも、最終手段として変更していこうと思います。

スポットカラーチャンネルを使ったDCS2.0の画像を貼り込んだりしていませんか？
ちょっと試してみたところ、リンク情報とレポートではDSC2.0のスポットカラーチャンネルを認識できないみたいですので、Photoshopなどで開いて確認するなどしてみてください。

KOUJIさんへ。
Photoshopの画像はプロセスカラーを使用しています。ちなみに保存形式はEPSです。