当方、Win環境のため検証できませんがご参考までに。。。

Illustratorの初期設定のクリア方法です。
起動時に⌘+option+shiftキーを押しながら起動させる。
ダイアログは表示されないようです。
ツールなどの設定はクリアされます。
パネルの位置などはクリアされないようですが、ワークスペースを保存してからの方が賢明だと思います。

これで駄目だとわかりません。。。

匿名様

初期設定クリアでも解決されませんでした。
残念です；；

Illustrator CS3でパネルを無駄に大きくなってしまう症状を再現できなかった（必要なときに発生しないのね）ので、解決になるかどうかわかりませんが、
/Users/<ユーザ名>/Library/Preferences/Adobe Illustrator CS3 Settings/Workspaces/の中のファイル全部 あるいは AIWSPrefsファイルを外に出してから、Illustrator CS3を起動してみてください。
パレットの位置が初期設定に戻りますので、そこから再度使いやすいようにパレットを並べ直してワークスペースを保存して、Illustrator CS3を終了します。
そうすると、先ほどのフォルダの中にAIWSPrefsと保存したワークスペースのファイルが作られています。これらのファイルをエディタで開くと、座標情報や縦横の長さの情報が書かれています。
おそらくこれらのファイルが壊れたか、中の記述が変な値になってしまったために起こっているのではないかと思います。

これでダメだと、再インストール（できれば避けたいな）かもしれません。

こに様

解決しました！　ありがとうございます！
ワークスペースが悪い事してたのですね。

助かりました。