印刷ページ等の情報が置き換わったためですね。

開いて単純に印刷しただけで、しかも「プリント設定」も保存して
あるんですが...。

印刷時のページ範囲等変えたりしますと、再保存促されますが、そんな感じではないかと思われます。

入力したデータ的には変更は無いと思いますよ。
あまり気になさらなくても良いかと...

通りスガリ様の環境では、ただ開いて印刷後に閉じる時、
保存は促されない、ということなんでしょうか？

ただ開いて閉じるだけで「保存」を要求されることもありますね。私も以前は気になったのですが、おそらくだいじょうぶだと思います。実害があったことはないですから。

「別名で保存」するとファイルの容量がかなり減ることからもわかるように、作業するたびにだんだんいらないデータが蓄積されていくんだと思います。Adobeのサイトにもそんな情報が載っていたかな？かと言ってそのようないらない情報が組版に悪さをするわけでもないようなので、気にしなくてもかまわないんじゃないでしょうか？前にサポートに聞いてもそれくらいのことしかわかりませんでしたが...

どなたか詳しい方よろしくお願いします。

Sokcho様、ありがとうございます。
これまで、このような動作をするアプリケーションを
見たことがなかったもので、戸惑ってしまい...。
1台のシステムを複数人のオペレータが使用しているもので
急に席を外したりすると、その人に確認したり...といったことに
なっています。
「印刷したら、本人がすぐに閉じる」というのが鉄則ですね。