InDesignでPageMakerファイルを開く前に、PageMakerで使用しているすべてのフォントが使用可能となっていますか。
なお、特定のフォルダ内のフォントでないと認識しない場合があります。（つまり、PageMaker側で認識しているフォントの全てをInDesign側で認識できるとは限らない）

Adobe Tech Note：PageMaker ファイルを開く（InDesign）
http://www.adobe.com/jp/support/kb/ts/223/ts_223214_ja-jp.html

ヘルプ：PageMaker ドキュメントの変換
http://help.adobe.com/ja_JP/InDesign/6.0/WSa285fff53dea4f8617383751001ea8cb3f-6d44a.html

返信ありがとうございます。PageMakerファイルのフォントは、OTFの合成フォントで、和文（太ミン等）はATMdeluxeを使ってOS9システムフォルダの外に出してあります。InDesignCS3で開くときに「見つからない字形の保護が有効に設定されました。新規フォントを適用できません。オーバーライド（無効）してください。」というダイアログが出ました。フォント検索で置換をしてから開いています。クラシック環境でPageMakerファイルを開いて、テキストのコピー＆開いたInDesignCS3ファイルにペーストすると問題なくできます。最悪この方法でしょうか。よろしくお願いいたします。

PageMakerファイルはMac版ではありませんか？
Win版で保存すると問題はなくなるとうかがったことがあります。

大変遅くなって申し訳ありません。結局、解決策がわからないのでPageMakerからテキストをコピーしてInDesignCS3に入れ直し、目視でチェックしました。結構大変でしたが。
それからWin版で保存する方法はわかりませんでした。
皆さま、ありがとうございました。

ほぼ作り直した格好ですね。
でも、今後そのInDesignファイルを改訂する可能性を考えればそれが一番いい方法だとも言えますが。
お疲れさまでした。

> それからWin版で保存する方法はわかりませんでした。
morimoriさんが仰っているのは、実際にWindowsのPageMakerで開き、保存することを指しているのだと思います。