CS1をインストール→OS Xをアップデート→CS1をアップデート出来ない。
という事件には何度か遭遇した記憶があります。
どうやら順番が良くないらしい......。

OS X（10.4.11）のアップデートを済ませてからCS1を新規インストール→CS1をアップデート（3.0.1）。
または、CS1のアップデートを済ませてからOS Xをアップデート。

これでいけるはずですが、解決方法はわかりません。
ハードディスクごと消去してやり直しましたので。

以前HDがクラッシュして入れ直した時にいろいろやってみましたが
CSは確かOS10.4ではアップデートは出来なかったはずです。

まず、OS10.2もしくは10.3でCSを入れてCSをアップ済ませる。
次にOSをアップしてCS2を入れてというように
その当時のCS系の仕様にOSを合わせておく必要があったかと。

ちょっと混乱の元になってしまうかもしれませんが、当方ではPowerPCの10.4、また10.6において、他のバージョンがない環境でアップデートをかけた際いずれも3.0.1にできました。
ただし10.5では何度やっても3.0.1にすることができませんでした。

だいぶ昔にレスいただいたのに申し訳ありません。
みつ様のやり方で成功しました。本当にありがとうございました。

解決されたみたいですが、丁度1年ほど前に私も同じ現象で皆様にヘルプを出したことがあります。そのときには、自己解決しました。ちょっと遅いですが、そのときのレポートをいかに貼ります。

>皆様、お世話様でした。
>
>一応、解決しましたのでご報告いたします。
>現状、トラブルをおこしたのがOSX10.4.11でしたが、初めて.InDesign CSをインストールしたのは10.3.2の時でした。その後，10.3.9か10.4.6のあたりで、CSを3.0.1にアップデートしたと思います。そして10.4.11にしてから使い続けていて、何も問題は起きなかった訳です。

>今回、同時にインストールしたイラストレーターCSも、11.0.0から11.0.1にアップデートしようとすると、アップデータが強制終了してしまう現象が起こりました。
>もしかしたら、OSXのバージョンが原因ではないかと考えて、別の内蔵HDに10.4.6をインストール、そこから起動してアップデートしてみると、InDesignもイラストレーターもちゃんとアップデートできました！
>
>本当にこれが原因かどうか不明ですが、10.4.11ではCSへのアップデータはうまく動かないのかもしれません。他のマシンでも同じような現象と解決を見るかどうかは、わかりません。