PhotoShop形式の画像ならば、InDesignのスウォッチ上から色を指定できます。

せうぞーさん、ありがとうございます。

スウォッチをいじくってみましたが、わかりません。
どうやるんでしょうか？

横からすみません。
割り付けたボックスの「中の画像」をクリックし、スウォッチから使いたい色を選べばその色に変わるはずです。

＞「InDesginCS3」でepsのグレースケールに変換した画像を貼り付けました
InDesignで、変換をしたのか貼り付けたのか、が曖昧に読めるのですが、おそらくはPhotoshopで作ったEPSをInDesignのドキュメントに貼ったんですよね？
だとすれば、
＞PhotoShop形式の画像ならば、InDesignのスウォッチ上から色を指定できます。
との事ですので、今回の場合はいくらスウォッチをいじくっても画像はビクともしませんだと思います。

PDFに書き出すのであればAcrobatPro上でやった方が早いですが、お手元にありますかね。
参考ページ
http://www.incunabula.co.jp/dtp-s/AcrobatDTP/Acrobat_saku2/006.html
ドキュメント上に、目的の紺色のオブジェクトを入れておくのが肝となります（見えてなくても構いません）

追記すみません

画像の形式がEPS以外で構わないようでしたら、
使用している画像をすべてTIFFかPSDで別名保存・置換してしまえば、
せうぞーさん＆五月さんが書かれている方法でイケます。

ありがとうございます。

TIF画像にしたらスウォッチから紺色に出来ました。

EPSはダメなんですね。