教えて頂きたいのですが
>画像は著作権や肖像権に拘わるような内容のものではなく、グレー１色のイラストアイコンのようなものでした。
これはプレビュー表示から解った事でしょうか。（リンク画像が無い場合のプレビュー表示は分からないので、勝手な事を私は言っています）
また、cooperさんは、このレイアウトを完成させた後はどの様な流れですか？デザイナーに戻す？そのまま製版？
リンク画像ファイルが無いとDTP作業に支障があるのでしょうか？（分からないので知りたいです）
回答にはならない事で申し訳ないですが。

あくまで可能性のひとつですが
デザイナー氏自身がアタリ画像しか持っておらず、実画像はクライアントが直接支給するという流れも、ある所にはあります。
イラストであれば、イラストレーター（職業の）がとりあえず納品したラフ画を配置して作業を進め、校了間際に完成品を入れて来られて慌てて全部差し替え、という流れも、ある所にはあります。
仮にこれが当てはまるとすれば、デザイナー氏の「できない」のニュアンスが違ってきますね。
Don't ではなく Can't だったりはしないですか？

ところで
＞イラレの窓からインデの窓へ
この2つ、ぐぐってみましたがわかりませんでした。
便利な物ならぜひ使いたいのですが、よろしければ紹介してくださいー

＞イラレの窓からインデの窓へ
　オブジェクトをドラッグして持っていった、、という意味でしょ。
　それで（AIの）実画像を持っていってるので、別に必要な物はないです。修正が必要にならない限り。

＞グレー１色のイラストアイコン
　一色のアイコンだと著作権がない、などということはありませんけどね。単に、必要が無いし、何故要求したかが理解できなかったんじゃないですか？（実際必要ないし）
　必要でもない物を要求されれば、なにか変に使うのでは、、と疑うのもおかしくはないでしょ。

>これはプレビュー表示から解った事でしょうか。
リンク画像のない場合でも標準画質の表示で荒い画像が表示され、高画質表示に切り替えれば綺麗に見えます。

>また、cooperさんは、このレイアウトを完成させた後はどの様な流れですか？
デザイナーには戻さずにそのまま製版まで行く予定でした。
途中でいろいろと変更があり、印刷所で修正して下版、という流れに変わり、インデデータを渡して私の作業は終了、ということになりました。

>リンク画像ファイルが無いとDTP作業に支障があるのでしょうか？
今回の事例では文章中に同じ画像をインラインで数十カ所配置したのですが、埋め込みでもリンクでもないオブジェクトなので、たとえば差し替えになった場合、一カ所ずつ探して貼り替えなければならなくなってしまいます。
差し替えは絶対にない！ということならそれでもかまわないかもしれませんが、作業前、途中の段階でそれはわかりません。

>デザイナー氏自身がアタリ画像しか持っておらず、実画像はクライアントが直接支給するという流れも、ある所にはあります。
それはよくあるケースだと思います。その場合低解像度のアタリが入ってきますが、リンクパレットに所在を確認できる（リンクまたは埋め込み）されていることがほとんどだったので、そうしない理由は何故なのか？と思ったのです。
今回のアイコンはデザイナーさんがタイトルのために自作されたもので、クライアントからの支給を待つといったものではありませんでした。作業上でそういうものの実画像を変に使われたくないから渡さない、という話はあるものなんでしょうか。私自身は遭遇したことがないもので。

AIファイルでもEPSファイルでも、ファイルを開かずにドラッグすればそれぞれの属性を保った画像がインデに配置されますが、「イラレでファイルを開いた状態」で「選択したオブジェクトをドラッグ」した場合は、オブジェクトは「インデザインのオブジェクト」になり、リンクパレットで所在を確認することはできず、AIかどうかもわからなくなります。（プリフライトをかけてみるとそのオブジェクトが埋め込みのPDFになっていることがわかります）
編集できないオブジェクトになりますし、実画像がなければ、たとえばグレーの濃度などを確認することもできません。パッケージしても画像は収集されません。
修正して差し替えが必要になった場合、リンクパレットで再リンクなどもできないので、いちいち画像のある箇所を探して貼り直しをしなければならないです。

ヘルプの中の「イラストレーターのグラフィック」についての箇所でこれに関する記述を見かけましたが、それがいいのか悪いのか、便利なのか不便なのか？がわかりませんでした。
ちょっと検証していないのですが、同じ画像を多数張り込むような場合、ファイルの容量に変化はないのか（リンクにした方が軽いのでは？）とかも気になってしまいました。

＞窓
読解力が著しく低下してたようで失礼おばしました。。「イラレの●」だの「窓の●」だのが脳内でアレしたようです ^

＞実画像がなければ、たとえばグレーの濃度などを確認することもできません
これについては分版パレットの「色分解」をお試し下さい。カーソルの当たった部分の濃度が％で表示されます。
．．という問題ではなくてですか？

本題についてですが、ウチも受け取る側なのでこれに似た事例はいくつかあります。
が、事情はそれぞれだったようです。
●巨匠ぶってる人（これはホントにそうでした）
●のちのちの有事の責任逃れの為、と言ってのけた人（思い出したくもないですが，1人だけ善くも悪くもちゃんと言葉にしてくれました）
●リンクファイル添付ミスが慢性的に起きる人の自己予防策（おばはん）

デザイナ氏ご本人しか知りえない経緯があるのかも知れませんが、
そこに疑問や異議を唱えるのは、その後の地道な差し替え作業に相応の料金が発生するか否かによるのではないか、と思います。
いちおうインライングラフィックも検索対象になるし、クリップボードの内容も置換対象になるので、超・地道とまではいかないような。
解決になってなくてすみません