いつもお世話になっています。

CSからの入稿用pdf書き出しについて質問させてください。

今回CS（Mac版）からpdfで入稿することになりました。InDesign2.0のときは、Distillerを使ってpdf1.3形式で入稿していたのですが（ネイティブデータの入稿もあり）、CSになってから、pdfの書き出し（書き出されたデータの仕様）で変わった点はあるのでしょうか？
というのは、できればInDesignから直接pdfを書き出した方がなにかと便利だからです。

今までDistillerで書き出していたのは、印刷所からの指定でした。また、一般的にpdf書き出しはDistillerを用いる方がよいと言われているようですが、実際の事例ではどうなのでしょうか。
ここのStudyRoomでは1.0の事例しかないのですが、どちらがいいということはわからないとなっていましたが...
今までは主に「インクナブラ」の書籍や執筆物を参考にしていました。

もちろん、両方で書き出して印刷所に検証してもらうつもりですが（形式は1.3）、このような事例が他にあればもっと広く知りたいと思います。

一応、Adobeサポートに聞いてみたのですが、「問題ない」とのこと。（まあ予想範囲内の回答）

フォントは和文はすべてOpenType（今回はヒラギノ）、欧文はType1です。透明機能はドロップシャドウのみ使用。一色または二色刷です。

よろしくお願いします。