私は1cと2cの仕事でPDF入校しています。
その中では、
Illustrator...ai形式
ビットマップ画像...TIFFのLZW圧縮かpsd
写真はTIFF、手描きイラストはpsdという形で
取り込んでいますが、別にどちらでも問題なさそうです。
ただ、たまたま当方の取引先でのやり取りがうまく行っているだけかも知れませんので、出力を依頼なさる所と打ち合わせしたほうがいいでしょう。
「打ち合わせ」は、一般論だと思います。

> ＯＳＸではＰＳＤがいいともききます。
OSに左右されるわけではありません。

> ＥＰＳの際は画像にＪＰＥＧなどかけて保存しても
> 大丈夫でしょうか？
EPSを使うなら、おすすめはTIFFプレビュー＆ASCII85エンコーディング。
でも絶対ではありません。
ここの過去ログNo.4104「表示画質でおかしな事が...」をご参照ください。

> 印刷会社によっても違うかと思うので一般論でも構いません。
仰るとおり、印刷会社というか、出力環境によって違いますので一般論などありません。
画像補正まで含めて発注するのかどうかにもよりますし。
入稿前に確認することをおすすめします。

五月さん、いきさん、ありがとうございます。
参考になりました。
感謝です。