> 最悪の事態とは何ですか？
保存中にInDesignがエラー終了する事態です。
余計なデータを減らすための操作で、壊れたファイルしか残らない事態を指して「最悪」と表現しました。
実際にそういう事態を体験したわけではなく、そういう可能性もあり得るという意味です。念のため。

> 保存方法は、どのような方法が最善なんでしょうか？
「別名で保存」を選び、実際に別の名前をつけて保存します。
その後、保存前の古いファイルを削除（または「古いファイル」フォルダにでも保存......おすすめはしませんが）します。
手動での作業であれば、それが最善と考えます。
もちろん、私の個人的な考えです。念のため。

いき様、早速お返事いただきありがとうございます。

念のため...ですね。

極端な話をすると、きちんとデータが整理できれば、その仕事が終わるまでのデータを全て別名で保存しておきたいところです。

以前、派遣された会社では、そういう指示で膨大なデータを保存しておりました。
初校時に戻したりする指示もあったり...PageMakerを使用していたためか、データが壊れやすかったので、その度に昔のデータを探して、そこから作業をやりなおしていました。
ただ、膨大なデータの中から探し当てるのに苦労しましたが...

InDesignの場合、ファイルが壊れても開かなくなる心配はなさそなので、そこまで極端な話は不要ですが、万一を考えて安全策をとっておかなくてはいけないなぁ...と、考えさせられました。

長々とすいません。
ありがとうございました。

サーバーにせよメディアにせよ、ディスク容量や保存場所など物理的な制約が許す限り保存したいというのは納得できます。
ファイルを探す手間は確かに大変でしょうけれども（＾＾；

InDesignのファイルが突然開かなくなったという話はこれまでにも何度か耳にしています。
用心には越したことがないというのは同感です。

＃直接関係ない話だとは思いますが、作成バージョンの古いデータならどこかの時点で思い切って作り直しちゃえ、という思いも持っておりますが......、まあケースバイケースということで。