補足です。Windows版InDesign CSにおける現象です。

四角形の線の太さを変える場合、線パレットの「線の位置」を設定することで、パスのどこを中心に線を太らせるかが設定できます。
また、線パレットまたはツールバーのフライアウトメニューの「境界線の線幅を含む」がオンになっているか、オフになっているかで、四角形のサイズの表示も変わります。

YUJI様、誠に有難うございました。

> また、線パレットまたはツールバーのフライアウトメニュー

すいません。線パレットではなく変形パレット、ツールバーではなくコントロールバーの間違いですね（^^;