EPSをIllustratorで開いてる時点で、もうダメ！
絶対に開いちゃダメです。
書きだしたEPSファイルを、Illustratorで開けると
勘違いしている人がいまだに多いですね。

>Illustrator 9.0.2 で開くと、「属性」のアウトプットが 300 になっています。

別にInDesign由来のEPSに限らず、他のソフトで作ったEPSでも同じ。
Photoshopのパス付きEPSでも300だったはず。
Illustratorってのは自分で作ったEPS以外はちゃんと開きません（と、思われる）。
自分の勝手な解釈で開いているだけ（と、思われる）。

なわけで、EPSを他のソフト（イラレに限らず）で開いて再編集しようってのは基本的
にやめたほうがいいです。
出力にEPSを使いたいのでしたら、何か他のソフトに配置すればいいのですし。
もともとEPSってそういう使い方が目的のはず。

AIでは，EPSに再編集可能なデータを埋め込んでいます。

つまり
AIのEPS＝EPSデータ＋AIデータ
なのです。

その再編集可能な部分のフォーマットがInDesignでは付加されないため，素のEPSを読み込むハメになります。素のEPSのアウトプットは他の皆さまの言うとおり，300です。

ちなみに，作成したEPSがAIで100%開くとは限りませんのでご注意を。そう言う場合は，以外とPDFで保存してAIで読み込んだ方が良い場合があります。
　故に書籍のチラシなどで組み見本を載せる場合はPDFを使うようにしてますねぇ，最近では。

皆様、コメントありがとうございます。
理屈はよくわかりました。

>EPSをIllustratorで開いてる時点で、もうダメ！
絶対に開いちゃダメです。

>なわけで、EPSを他のソフト（イラレに限らず）で開いて再編集しようってのは基本的にやめたほうがいいです。

>ちなみに，作成したEPSがAIで100%開くとは限りませんのでご注意を。

言い訳がましいのですが、そのへんのことは理解した上での話です。
あくまでも「分からず屋のお客様のワガママ」に対処するための話でして。
もちろん InDesign で書き出した EPS を Illustrator で開くことについてこちらは一切責任持ちませんよ、なんで PDF じゃダメなんですか、とかいろいろやり取りした上の話です。

ただ、現実には、例えば OTF の字形をアウトライン化して、あと数文字とかだけのページを、AI5.0 しか持っていない（Acrobat も Photoshop もない！）環境で使いたいから、なんていう用途だったりすることが多いので、問題点は承知の上、ということになっています。