1.0ですか・・・
私は2.0からしかさわってないので、検証はできませんが。。。
マスターページを別に作り、ふたけたまでのページはセクション名に「00」を入れるのはどうでしょうか。

等幅フォントを使用し、”00A”（Aはノンブル）を右寄せで作成。
文字ボックスは6桁で溢れないような大きさで作成し、
4桁以上の部分を白ベタでマスクする。
全然スマートぢゃないっすね。

いきさん、ひまつぶしさん、ありがとうございます。

ページ番号の書式をカスタマイズして登録する、という機能は
In Designにはないのですね。
教えていただいた方法で試してみます。

バージョン２からなら、ページ番号のスタイルで001とか選べますけどね。。。

丸囲みの数字とか欲しいよ～。

マスターページの同じ位置に、大き目の“○”とノンブルを置いて、擬似的な丸付数字ノンブルにしたことはありますよ。
もっとも、それで100ページ超えるようなモノを組んだことはありませんけど。

In Design2.0をたった今、手に入れました。
よってノンブルの3ケタ表示は解決しました。

○カコミ数字でのノンブル表示は、
オリジナルで1バイト文字をデザインして書体にして使うと良いと思います。Font Grapherなどのソフトを使って。

手間がかかりますけどね。