イラストレーターCS5(Win版)でPDF保存して、もう一度開くとレイヤーの上下が入れ替わってしまいますが、CS5の仕様でしょうか？

配布資料で使用するため、以前からPDF保存していますが、CS3では上記のようなことはありませんでした。

また、保存の際に気をつける点などあれば、教えていただけないでしょうか。


よろしくお願いします。