いろいろやっているのですが、
データ結合でタグ付きテキストは、やはり無理なのでしょうか？

<SJIS-WIN>
<vsn:6><fset:InDesign-Japanese><ctable:=<Black:COLOR:CMYK:Process:0,0,0,1>>

これは、どこにいれればいいでしょうか？
データ結合したいデータは上付き、下付きにしたい部分があります。
簡単にすると

ID　（タブ）　Sec　（タブ）　Name　（タブ）　Contents
001　（タブ）　□□□□　（タブ）　太郎<cp:Superscript>＊１<cp:>　（タブ）　○○○○H<cp:Subscript>2<cp:>O

このようなものです。
よろしくお願いします。

というような感じです。

例示していただいた情報だけでは断言できませんが、データ結合にこだわらず、別の方法を考えたほうがいいかもしれません。

XMLを利用すれば、上付き・下付きは文字スタイルにマッピングさせるタグを用意すればよいので対応できそうです。

どうしてもInDesignタグ付きテキストを利用したければスクリプトを利用することで可能です。

InDesignタグで自動流し込みしたいのでしたら、「DBPublisher/i 1.5」プラグインがよいかと思います。
http://www.lynx.co.jp/products/DBPublisher_i/outline

変換テーブル内で、フィールド内のテキストに正規表現でタグを付与して流し込みできます。