毎度どうも、質問かみくだきマンです。

かなりの量、とのことですが、
ドキュメント数、テキストフレーム数、ルビのフォントサイズの種類、など、いまどのような状態ですか？　
今やられている作業の「ひとつずつ」はルビの親文字1つずつですか？それとも段落スタイルを？

対象となる文字の量が「かなり」で、目指すルビサイズ自体1つなのであれば（全体に本文ルビ5.5Q→6Q など）複数のテキストフレームを選択した状態でルビ設定ダイアログを出せば一括変更できます。

変更前と後の大きさの比が画一的なものであれば（極端ですが「半分に」とか）、複数のテキストフレームを選択した状態でルビのサイズは触らずに水平比率、垂直比率を変更する事でまとめて拡大縮小できます。ごまかし技ではありますが。
　全てにうまく当たるかはデータ次第なのでなんとも言えませんが。。

ちょっと追加ですが

元のルビサイズが同じなのに変更後のルビサイズはそれぞれ違う、という事でない限り、「1つずつ」はあまりの手作業です。
「検索と置換」でルビサイズを指定するだけで「1種類ずつ」処理する事ができます。画像を参照してください。

これが何ファイル分もあるわギョエー、という事でしたら、1種類ごと処理するたびにその設定をクエリとして保存していき、次のファイルでそのクエリをまとめて実行します。
　せうぞーさん謹製「run_Queries」というスクリプトがしこたま便利です。
http://d.hatena.ne.jp/seuzo/20090518

もし段落スタイルを設定しておられるならば、難しく考える必要はありません。
その段落スタイルのルビ設定を変更するだけで大丈夫です。
ただし、デフォルトの文字サイズの1/2をより大きくするなどの場合なら、文字組みが大きく変わってくる可能性があります。
ルビかけ処理の設定にもよりますが......