きれいに配置できない、というのはプレビューが汚い、ということ？
それなら表示画質を最高にすればいいです。
データがまるっきり配置できない、という意味でしたら
VectorWorksのEPSを一度、Illustratorで開いて、Illustratorの
EPSとして再保存してからInDesignに配置すれば、できるのでは
ないでしょうか。

通り雨さん、ありがとうございます。
教えて頂いた品質を最高表示にすることと、Illustratorでの再保存試してみました。最初の画像よりプレビューは綺麗になったのですが、やはり、Illustratorで配置してそのままIllustrator上で編集するのが、今のところ一番綺麗なようです。（Illustratorでepsとして再保存した画像をInDesignに配置すると画像が多少劣化してしまうようでした）
他にもいろいろ試してみたいと思います。どうもありがとうございました。