ケースバイケースです。
Illustratorに配置する画像の種類によります。

参考までに。
Adobeサポート情報：「モノクロ 2 階調の埋め込み EPS 画像がダウンサンプルされる（Illustrator CS4/CS5）」
http://adobe.ly/owMZyb
こちらは埋め込みの場合の問題点が紹介されています。

株式会社Informe様：「Illustratorへの画像の貼り込みの問題」
http://goo.gl/LRxiQ
こちらは埋め込み・リンク両方の問題点が紹介されています。

上記を踏まえ、出力先の環境にも依ることなので一概に埋め込みであれば問題ないとは言い切れません。
また、リンク配置の場合、画像のファイル名にも気を遣わないと出力先の環境によってはリンク切れを起こすこともあります。

いち末端工程作業者としての私見ですが、
あなたの入稿した先で第三者が更にそのデータに手を加える事があるなら、後の人は配置画像は極力リンクの状態を保っていた方が作業しやすいです。
自信満々の完全データです、直すべきところなどない、変にさわらないでちょうだい、というのであればその限りでもないですが。。

いき様、（z-）様

ありがとうござます！
理解を深める事ができました。

書きそびれてしまいましたが
カラーのPSD画像を使用する前提でしたので
今後も今まで通り、イラレ上ではリンク配置にして
入稿していこうと思います。

画像ファイル名も日頃からシンプルに付けるよう
あらためて気をつけてみます。

> 画像ファイル名も日頃からシンプルに

ものかのさんのサイトに詳細な説明があるのですが。
http://tama-san.com/?page_id=872
ファイル名に2バイト文字を使っている際、濁点・半濁点の文字が含まれていると出力先のマシンがWindows環境だった場合にリンクが外れる可能性が高いです。
半角英数のファイル名が望ましいです。

いき様

詳細までありがとうございます！
今後、注意して制作してみます。