まー色々ありますよね。

１）InDesignで制作していることをご存知で、目次は自動（段落スタイルでマッピング出来ている）で拾えることをご存知の上で、初校を出してくれという依頼。
２）目次のプレーンテキストを支給して頂ける場合（うちではInDesignなら目次機能で抽出してベリファイかけてチェックしますが）

経験ですが、どちらの方法で作業しても、あほみたいに朱字を書きまくってゲラ戻す出版社は、初校の時に目次を作りたがります。そしてノンブル変わるのでノンブルに殆ど朱字入ってるので必死（ここは目次のデザインに左右されます）に修正。

手探りで当て込むのは、「ノンブルは勝手に調べてゲラ出してね」ってことでしょうか？
もし、そうであれば、そういう場合もあります（経験済）

まー 索引と同じ工程で制作したいのが本音ですが（＾＾；

頭の固い編集者も居ますので、色々な事例があると思います。その手法が「割に合う/合わない」で「手法を変えれば良い」話なんだとは思います。

上記１）の場合で、デザインに凝っていない（手作業が半端なく必要ではない場合）なら、「手動で目次作成」している意味が分かりません。単に勉強不足な作業者なのではないでしょうか。

質問内容では、推測でしか回答できませんが、
こんなとこでしょうか。

流星さんが仰る通り、色々です。
何を指して「普通」と言うべきかについては判断が分かれるところでしょう。

特殊な事例ですが、目次に表示する項目が必ずしもページ順ではない場合もありまして、編集担当が内容を把握した上できっちりと目次原稿を作ってくる場合もあります。

書き込みの内容だけでは判断できませんが、もちろんその外注さんがInDesignの目次機能をご存知ない可能性もありますけどね。

コメントありがとうございます。

確かに「"普通"は人の数だけ存在する」と言っても過言ではないと思いますので，それぞれのInDesignをお使いになる方にとって，「どういう対応を"普通"取るか」ご意見を伺いたかったところです。

ちなみに先の編集担当者には，当方に発注頂いた別の案件で「InDesignでは目次も索引も自動で作る機能があるため，それぞれの作成は本文の最終校正が終わるまでお待ち頂きたい」という旨を伝えてありますから，自動作成機能の存在は知っているはずで，その外注にも自動作成を期待していたのが外れだった，という様子でした。

編集者と当方の結論としては，さきのデザイナーが目次作成を自動でするという概念自体ないのでは，ということになりました。
何度修正指示を出しても反映されなかったということで...。

ちなみに「手作業に半端なく凝るデザイナー」です。

なるほど、状況がよくわかりました。
おそらく、ダイアログひとつで済む設定内容について、アレルギー反応のように「面倒くさい」と思ってしまっている可能性がありますね。
もしそうなら、よくあることだけど、せっかく用意された機能なのに勿体ない......。
......などと、想像だけで言っていても仕方がないとは思いますが。

中には段落スタイルや文字スタイルもほとんど使わない方がいますからね。。

メールなどで書いても全く伝わらない方もいるので、
最近はクイックタイムの画面録画機能で一連の作業を録画したものなどを
FTP経由で送ったりします。

これは結構効果があります。

「面倒くさい」以前に普段自分で出しているパレット以外の機能が
全くの別世界になっている方も沢山いるように思います。

「クライアント側の普通」と「制作側の普通」は一致しないのが「普通」なので、確認したり推測したり擦り合わせたり我慢したり押し付けたり隠したり騙したり...が普通だと思います。

自動で作りたいのはヤマヤマなんですが、段落や文字スタイル
だけでは対処できない例外も多く、基本的には手動が多くなります。うちの場合は。