はじめまして。
InDesignからPDFへの書き出しについて書かれているこちらの書籍は読まれましたでしょうか？ヒントがあるかもしれません。
「InDesignで作る電子書籍　EPUB&PDF完全ガイド 」大橋幸二 (著)
http://www.amazon.co.jp/dp/4844361945/

インタラクティブPDFでは試してないので未確認ですが、Adobe Digital Publishing Suiteの場合、InDesign CS5.5に動画を配置する場合には、QuickTimeでmp4形式で書き出した後、「.m4v」を「.mp4」にして配置する必要があります。

こちらについては、僭越ながら私が書いた書籍に書いてありますのでご参照ください。
「ADPS & EPUBがやってくる InDesignで作る電子書籍」
http://www.amazon.co.jp/dp/4862671101

アドビの推奨がFLV、F4V、h.264（.mp4）でしたので、
その全てを試しましたが今のところ失敗しています...

とりあえず当該書籍を参照して試行錯誤を続けます。
情報ありがとうございました！

InDesign CS5.5で行ってみました。

試しにYouTubeから落としたFLVファイルを配置したものは動きませんでしたが、下記の方法で配置したmp4ファイルは再生できました。

http://support.apple.com/kb/HT1425

こちらの一番上にm4vのサンプルファイルがあるので、ダウンロードした上で拡張子を「.mp4」に変更し、InDesignドキュメント内にドラッグで配置できます。このムービーもH264です。

あとはメディアパネルをつかってコントローラー表示などの設定を行えば、あとはPDFインタラクティブで書き出すと設定通りにコントローラーを表示させながら再生できました。

Acrobatは 9 Proで試しました。

樋口様

お手数をおかけしています。
また、丁寧なご指導をありがとうございます。

指示通りサンプルファイルで試しましたが、やはりまったく表示されません。
作成中のメディアパネルでは確認できるのですが、書き出すと駄目なのです。
インタラクティブPDFでも、EPUBでも駄目です。

ちなみに検証は下記の通りです。
・Mac プレビュー
・Adobe Digital Editions.app　1.7.2
・iBooks最新版（iPadに入れて）

何か根本的な設定が間違っているのかと、
ドキュメントプロファイルを切り替えてみたり、
見当違いな操作をして鬱屈としています。。。

初歩的なミスの可能性が高いと思いますので、
何かもしお心当たりがありましたら教えてください。
よろしくお願いします。

ん？　Adobe Reader / Acrobat では確認していないのですか？
まず、そちらで確認してください。そちらで動作すれば、作り方の問題ではなく、再生環境の問題です。

インタラクティブPDFは、iBooksでは再生できませんよ。
Adobe Reader/Acrobatのバージョン9以降でないと。Android用のAdobe Readerでも再生できませんでした。

EPUBはそもそもHTMLなんで、閲覧環境にあった形式の動画ファイルを、Videoタグをつかって埋め込めば、iPad上のiBooksでも再生できます。