Illustratorで原点を移動していませんか？
もしそうであるなら、原点を元に戻して保存し直したものを配置するとどうですか？

YUJIさん、お返事ありがとうございました。

イラストレーター上の原点はデフォルトの状態です。
念の為原点をリセットしてみましたが、やはり結果は変わりませんでした。

このような現象ってよく起こるのですか？
少なくとも私の環境では当たり前のように起こるのですが・・・。

確証など無いのですが、あくまで私の環境ではイラレ8.0の方がこの現象は少なかったように思えます。（大した検証はしていません。以前のプリント等を見比べた程度です。）

WIN2000・InDesign3.01J・Illustrator10.0.3J
ですが、同じ現象が起きてます。
原点もIllustratorをInstallした状態で何も変更していませんが、EPSを配置すると欠けてしまいます。
解決方法は一回り大きい透明枠を置くか、当方の環境では配置後に四辺全てを伸ばすことで対処できます。
　当方は出力用のデータがＰＤＦで、校正往来にもＰＤＦを出して、それをＰＳプリンタでゲラ出してます。
　InDesign上のプレビューでは多少欠けていますが、ＰＤＦで見るときちんと表示されていたと思います。（いま実際に見れないので不確かです）

あと確認ですが、端が欠けるというのは線幅の半分位が欠けるという症状ですよね？　当方は線幅の半分が欠けます。

流星さん、お返事ありがとうございます。

流星さんの言われたように線幅が細ったり、後は仕事上取説等を扱うのですが、PL法の注意マーク（三角形の真中に！マークが入ったもの）の三角の先端部分や丸系イラストのグラフィック枠に触れている部分が一部欠けたりと言った現象です。

やはり流星さんの環境でも起こりますか。
私もイラストに対して透明枠をつけて対処しようかと思っているのですが、何しろイラスト点数がかなりあるので・・・。

枠を広げての対応ですが、あくまで私の環境ではですが、線が細る現象に関してはイラスト枠を広げる事で比較的解消できるのですが、注意マークのような三角形のマークに関しては、イラスト枠を広げて一度PSからPDFを作ってみたのですが、欠けは解消されていませんでした。

いまのところ
InDesignに配置する前のEPS自体が問題を抱えてるのではないかと思います。
要するにInDesignの問題ではないのではと。。

例えば、こういう例があります。
「EPS形式で保存したファイルを他のアプリケーションで開く、または配置すると画像が欠ける」
http://support.adobe.co.jp/faq/faq/qadoc.sv?221884+002

A.　Illustrator 10.0.3 へアップデートします。
あれ?10.0.3でしたよね (^^; いちおう確認。


InDesignが配置EPSのサイズを取得するとき、次の順で優先されるようです。
　1.　%AI3_Cropmarks: 34.0156 34.0156 181.4170 181.4170　←正確なトンボ(オブジェクトメニュー)
　2.　%%HiResBoundingBox: 0 0 215.4327 215.4327　←正確なアートサイズ

　3.　%%BoundingBox: 0 0 216 216　←とても荒いアートサイズ (pt整数)
#Illustratorから正確な仕上がりサイズのEPSやPDF作るときは
#オブジェクトメニューのトンボ使うとバッチリなんですよ。
#といっても(今日現在はなぜか)あまり使う人いないみたいなので以下省略。。

レイアウトソフトにEPSを配置した場合にいまいち画像端の精度が悪いのは、昔はよくあったことで、
%%BoundingBox:値(=荒い)からEPSサイズを取得するソフトで発生しましたね。
#Illustratorのベージ原点を戻したりすると右と上(場合によって下)
#だけに誤差が寄るので誤差のトータルが0.5pt程度に収まるとか (端折り過ぎですが)。。

InDesignにIllustratorのEPSを配置したときは、EPSのヘッダ部分に記載されている
%%HiResBoundingBox:値で認識するはずで、またそれ以外ないと思われ。
としたらその誤差は「とても目では確認できない」レベルなはず。

それで、もともとIllustratorEPSに含まれているサイズ情報自体がまちがっている
のではないかと思った訳です。
#もしくはInDesign側で%%HiResBoundingBox:情報を読み洩らしているのかなぁ。

確認方法としては、Illistratorから作った直後のEPSを
Distiller 6以降にドロップすれば、%%HiResBoundingBox:サイズで
PDFが作られますので、これで元々のEPS自体欠けていないか
確かめていただけないでしょうか?

p.s.
ちなみに最初からIllustrator10.0.3で作られたデータでしょうか?

MM岩手さん、お返事ありがとうございます。

MM岩手さんの仰る通り、Distiller 6で変換した結果、イラストの端が欠けていました。
と言うことはイラレのEPSに含まれている情報が間違っていると言うことなのでしょうか？

とても丁寧に説明してくださったのですが、私のつたない知識ではある程度しか理解できなかったのです・・・御免なさい。

イラレのバージョンは10.0.3です。
ただ、使っているイラストは8.0で作成したものを10.0.3で開き、再度保存しなおしたものですので、10.0.3純正のデータでは無いです。

この場合、やはり透明枠等で回避する以外に方法は無いですか？

何だか質問ばっかりで御免なさい。

> と言うことはイラレのEPSに含まれている情報が間違っていると言うことなのでしょうか？

Illustrator10 EPSの%%HiResBoundingBox:値を
手動で書き換えてInDesignにドロップしたら
指定した範囲で配置されましたので、
やはりInDesign側の問題ではないと思われます。

> この場合、やはり透明枠等で回避する以外に方法は無いですか？

それが、、
丸、三角、六画斜め45度などを
さらっと試したのですが、
問題を再現できませんでした。

Illustrator10.0.3で同じ図形を新規に作ってもなりますか?

横からすいません。

>Illustrator10.0.3で同じ図形を新規に作ってもなりますか?
当方では新規で作ってもこの現象が発生します。

とりあえず、線幅を太くした丸をつくります（たとえば20ptとか）
それを透明枠とか付けずにそのまま「eps」で保存します。
オプションは
互換性　Illustrator 10
プレビュー　なし
サムネール　なし
フォント埋め込み　有り
PS Level　２
上記オプションでEPSを作って、それを配置してみて下さい。
天地左右どこかの端が切れてしまいます。

ちょっと実験

a)10mmの円に10ptの線幅をつけた場合
　%%HiResBoundingBox: 0 0 38.1495 38.1490

b)50ptの円に10ptの線幅をつけた場合
　%%HiResBoundingBox: 0 0 59.9498 59.9498

a)の誤差が約0.2pt小さい
b)の誤差が約0.05pt小さい

欠けるのは、このくらいの話ですか？
それとも、それ以上なのでしょうか？

%%HiResBoundingBoxの値と、実際にマスクを掛けている数字を変更すれば、完全な円を得られますね。

お返事が遅くなりました。

MM岩手さん、流星さんも言われている通り新規で作成してもイラスト欠けが発生する事があります。
ただ、私の環境では新規に作成したイラストの方が欠けが小さく、同じような形状のイラストでも欠けない事も多いです。

ron.さんの言われている誤差の範囲ですが、新規で作成した場合、ものによって違いますが、8.0を10.0.3に持ってきた場合に比べれば、それ程顕著に欠けているようには思えませんでした。

私は皆さんほど知識が無いので、難しい事は良くわからないのですが、「%%HiResBoundingBoxの値」と言うのはどこで確認するのでしょうか？出来れば数値を変更する方法もお聞きしたいのですが。

お馬鹿な質問かもしれませんが、素人意見と思って教えていただけないでしょうか。

ron.様
>欠けるのは、このくらいの話ですか？
そうです。ごく僅かなんですが、製版屋から指摘されたので。

ちび太様
「%%HiResBoundingBoxの値」はＥＰＳをテキスト編集ソフト（Winならメモ帳でもOK)で開いて値を直接いじります。
EPSもPSも実はテキストファイルですよ。
ただ、バイナリ形式とASCII形式の二つがありますから、詳しくは同じイラストデータを作ってテキスト編集ソフトで開いて比較してみてください。
バイナリはぐちゃぐちゃです(笑)

とりいそぎ、
テキストエディタで開いてもいいですけど、いじっちゃいけないです(^^;)。
最近のテキストエディタだと文字や改行コードが置き換えられたり、
プレビューデータの位置がずれて使い物にならなくなったり、
Macリソースプレビューの場合お化けリソースができたりして、
OSまでおかしくなります。
プレビューなしのEPSに対しバイナリエディタを使ってください。

#WinならQuick BeとかMacならHexEDITとか

流星さん、どうもありがとうございます。

EPS保存したファイルはテキストエディタで開けたのですね。とても勉強になります！！

でも、数値変更するにしてもかなりの数のイラストがありますので、それはそれで大変ですね（笑）

でも、皆さんのおかげで結構勉強出来ましたし、少なくともどう言った原因であるのかは少し分かりました。
私的にはそれだけでもかなりの進歩です。（本当に書き込んでよかったです。）

Illustrator 10.0.3 EPSとIllustrator CS EPSで
%%HiResBoundingBox: x1 y1 x2 y2比較してみました。
10.0.3 EPSの%%HiResBoundingBox:は絵柄より少し内側につくようですね。
※以下は例です。10.0.3は図形の位置でもまた多少数字が動きました。

50ptの正円に20ptの線を指定してみました。
・Illustrator CS【0,　0,　70,　70】
・Illustrator 10.0.3【 0,　0,　69.9981,　70】
幅だけが0.0019pt小さかったです。#約2/1000pt

a)10mmの円に10ptの線幅をつけた場合
・Illustrator CS【0,　0,　38.3467,　38.3467】
・Illustrator 10.0.3【0,　0,　38.3438,　38.3438】
幅高さ共に0.0029pt小さい。#約3/1000pt

b)50ptの円に10ptの線幅をつけた場合
・Illustrator CS【0,　0,　60,　60】
・Illustrator 10.0.3【0,　0,　59.9991,　60】
幅だけが0.0009pt小さい。#約1/1000pt

私の試した範囲では、たまたま0.2ptもずれてくれなかったんだと思います。
#そういうことで合ってますか? > だれとなく;

MM岩手さん、8.0から10.0.3へイラストを再保存した場合は、明らかに0.2pt以上のズレが生じたのですが、10.0.3で作成したものに関しては、現在のところ0.2pt以下のズレですんでいます。

これが答えになるかは分からないのですが、8.0から10.0.3に持ってきた場合が、現状最も誤差が大きいのではないでしょうか。

的外れな答えになっていたら御免なさい。