逆ノンブルですね。

スクリプトなら瞬時に終わるのですが、
どうやら、そういう雰囲気が嫌いな人が居るようなので、
面倒な方法ですが、InDesignバージョン問わずで使える
手動で作り出す方法です。

ExcelでA1セルに300を入力
A2セルに299を入力
251が発生するまでA1:A2を選択しオートフィル（A50まで）
出来たセルA1:A50までをテキストエディタにコピー
InDesignでマスターにノンブル用の枠を生成（見開きなら左右に作り連結）
最初のページでマスターページのノンブル用の枠をオーバライドしてテキストを流し込む。
オーバーフローするので２ページ目（見開きの場合、２スプレッド目にオーバーフローした分をShift＋クリックで全て流す。（これで完成）

PDFに出力するときは
こちらは、ExcelでA1に50を入力
A2に49を入力
1が発生するまでA1:A2を選択しオートフィル
出来たセルA1:A50までをテキストエディタにコピー
エディタからInDesignにペースト
InDesign上の正規表現検索で
\d+を検索→+$0で置換
InDesign上の通常の検索で
^pを検索→,で置換
それをコピーして出力するページの指定に
+50,+49,+48,+47...+1
を投入して書き出し。（完成）

# どこか間違ってたら、優しくフォローください。

先程のレスに補足です。

>（本文）　縦書き＝１～２５０ページ
>（参考文献）　横書き＝２５１～３００ページ
となっているので、
（本文）と（参考文献）は
別ファイルになっているものと解釈しました。

（参考文献）のファイルは、
300ページからスタートする設定にして
50ページ分なので349ページで終わります。
ただし、逆順でPDF出力が出来ないため、
+50,+49のように絶対ページ指定で
逆順で出力できるように書きましたが、
プリントで出力する場合は、「逆順でプリント」に
チェックを入れれば良いだけです。（念のため）

流星光輝様
ありがとうございます！　これで何とかなりそうです。
もしよろしければ、「スクリプト」でのやり方も簡単にお教えいただけないでしょうか？

CS5は所持してないので、ごめんなさい。
簡単にスクリプトのフローだけ書きますね。
算用数字だけで考えてます。漢数字とか時計数字とか面倒なので...

１）ノンブル枠用にレイヤーを新規作成
２）開始ノンブルを指定（今回の場合は300からスタート）
３）ドキュメントのページ数を取得
４）ページ数ループ開始
５）上記１）で作成したレイヤーにテキストフレームを作る
６）上記２）４）辺りの情報から表示させるノンブルの文字列を生成
７）上記５）のテキストフレームに上記６）の文字列を投入
８）上記５）のテキストフレーム内の文字列にフォント等の設定を行う
９）上記４）のループ終端

とかでしょうか。あとはエラートラップと次回用の対策を書けばいいかな。
WEBにサンプル大量にあるので、組み合わせれば出来ると思います。

流星光輝様
ありがとうございました！
参考にして挑戦してみます。