1つのテキストフレーム内で行間が揃わないということなら、ベースラインシフト、行取り、段落前のアキ、段落後のアキなどの設定がされているためではないでしょうか。

漠然とした質問には、漠然としか答えようがないので、行間以外の設定が違うからです、としか言えません。

まず「行間」という言葉一つとっても、テキストフレームの（行送り-級数）のことを言っているのか、フレームグリッド設定の行間のことなのか、それも定かではないです。行間と行送りを混同してたら？とか。

基本的なことと言っても、InDesignの文字まわりの設定項目は非常にたくさんあるので、想定しうる状況を列挙していくのは手間が掛かりすぎます。簡潔に・ピンポイントで質問しようという意図があるのかもしれませんが、手がかりがないと、何故？と言われても、答えようがないです。

テキストフレームで級数も行送りも同じなのに行間が違う場合は、行送りの基準位置が違っている、改行だけ級数が大きくなっている、段落前後のアキが設定してある、ベースラインシフトが、etc...
...きりがないので止めておきます。

InDesign　＞　環境設定　＞　テキスト
KOさま

文字オプション　の中に
段落全体に行送りを適用
がありますが、いかがですか？　ひょっとしたら私が悩んでいるレベルと変わらないのかもしれないと思って、書きました。

InDesign、勉強中です。なかなか辛いです。。

オメガさんのお応え通りなのですが......
コントロールしやすくするためには、
行送りの基準位置と文字揃えを揃えておくことをオススメします。