サンプリング方法の選択でピクセルの数に違いはでませんが、
リサンプリング結果の違いが、jpeg圧縮の効率に影響したものと思います。

サンプリング方法の選択は、
画像解像度を落とすため=少ない数のピクセルに置き換えるとき
元データのピクセルを間引くか、平均化にするかの違いです。

例えば、高度な平均化を行うビキュービックダウンサンプリングは
もと画像のピクセル達が持つ情報を凝縮してより多く引き継ぎますが少しボケた印象になります。
実際ぼかしてるわけではないがツプ単位でのシャープ感が減る。
#印刷用など解像度が高い用途だと目立たないのですが。

jpeg圧縮は8×8ピクセル単位で似たパターンを置き換える圧縮方法です。
似たパターンを見つけるときエッジの効いたシャープなパターンは
できれば残したいと評価されるため圧縮しにくい。
逆にボケた(滑らかな)パターンは圧縮されやすい。
ということでファイルサイズに違いがでたと思います。
たぶん。

MM岩手様、ありがとうございます。

結局のところ、今回は見た目のきれいさと容量重視で、ダウンサンプリングで圧縮したものを採用することにしました。
確かにビキュービックダウンサンプリングが一番滑らかできれいなのですが、画像によってはややぼやけた感じがします。
サブサンプリングはまったく論外でした。

また、「画像データをフレームにクロップ」にチェックを入れただけでもファイルサイズがやや軽く（0.2MBくらいですが）なりました。


現在、InDesignと格闘の毎日です。
また、何かわからないことがありましたら、こちらを参考にさせていただくかと思いますので、よろしくお願いいたします。

重ねてお礼申し上げます。
ありがとうございました。