> また、以前に全角数字、半角数字が揃うアプリケーションを以前使用していたので困っています。
書き込みを拝見したところ、一桁用には全角数字、二桁以上用には半角数字を使っておられますね？

提案としては一桁用、二桁以上用にそれぞれ文字スタイルを用意して適用するのがよいのではないか、と思います。
前者は等幅半角／文字前のアキ量＝四分／文字後のアキ量＝四分とし、後者は等幅半角のみをスタイルとして登録。

http://dtpwiki.jp/?InDesign
その上で、上記リンク先の「正規表現検索スタイル適用」をダウンロードし、全角数字を一桁用文字スタイル、半角数字を二桁用文字スタイルにそれぞれ置換します。
リンク先にはCS/CS2用と書いてありますが、CS3でも動作します。
※スクリプトご利用にあたっては自己責任でお願いします。

補足です。
上記レスは、文字組アキ量設定において数字の前後がベタになる場合の話です。

あーごめんなさい。
InDesign CS3上の正規表現だと、全角数字と半角数字を区別しないと思っていたのでスクリプトを紹介したのですが、それは検索パターンが
￥ｄ　　（←実際は半角）
の時の話でした。
[０-９]　（←数字のみ全角）
だと全角数字だけにマッチし、
[0-9]　　（←すべて半角）
だと半角数字だけにマッチすることに気付きました。
知り合いの方からご指摘を受けたので、この場を借りてお礼を。
あかつきさん、ありがとうございました。

せっかくダウンロードさせて頂きながら手に馴染んでいないのでつい紹介するのを忘れてしまいがちですが……。
市川せうぞーさんのサイトに
http://www.seuzo.jp/st/index.html
num_glyph 0.3というJavaScriptがあります。
これで解決。

いきさん。丁寧にありがとうございます。
これから試してみます。