マスタページアイテムが見開きのノドよりも左にあれば、左ページの物になってしまいます。
右綴じ、左綴じ関係なく。
線なしの単純な図形やグラフィックフレームであれば、複製してそれぞれノドを境に変形してやることで対処できます。

仕様というか、不具合というか、左右で違うマスターページを適用する場合は特に気を付けなければならないです。以下はAdobeのサポート情報です。解決方法が...非常に微妙ですが、参考になればと。

見開きページに異なる子マスターを割り当てると正しく適用されない（InDesign CS4/CS5）
http://kb2.adobe.com/jp/cps/863/cpsid_86345.html

ノド元にかかるマスターページアイテムは他のマスターページが適用されていても表示される（InDesign CS5.x）
http://kb2.adobe.com/jp/cps/906/cpsid_90631.html