>たとえば、Photoshopで写真画像を薄い黄色の特色にしてしまったら
それは印刷所では原稿として使えないような気がするのですが、

印刷屋さんは、制作者がその画像を「意図して黄色」にしたと思うのでは？
注文があるのであれば、注文を印刷屋さんに理解してもらえる様に伝えなければなりません。と思います。

まず質問するときはアプリケーションのバージョンおよびOSを明記してください。
質問に答える側が推測して回答すると齟齬があったりするので。

プリフライトパネルということはInDesignCS4以上ということですね。
特色のデータを配置したのだから特色がInDesignドキュメントのスウォッチに登録されて、プリフライトパネルにその旨のアラートが出たのではないでしょうか。
ご自分のプリフライトの設定で「特色が1つ以上あったらアラートが出る」ようにしているんだと思われます。

またダブルトーンの件ですが、理解できていないのであれば使わないほうがいいと思います。
何色刷りか知りませんが、特色版をシアンやマゼンダで作成するなりしたほうがいいと思いますよ。

グレースケールの写真はグレースケールのままで
InDesignに配置してください。
その際、形式はPSDかTIFFで。

で、着色はInDesign上で行ってください。

Photoshop上で行っても構いませんが、幾度も直しが入ると
そのたびにPhotoshopに戻らないといけないため、面倒です。

写真を単色の特色とするなら、配置先のアプリケーションで色付けする、
この方が簡単です。

アドバイスをいただきまして大変ありがとうございます。

ぴさま
印刷所には、データを渡すだけではなく
こちらの意図を口頭や文書で伝えること、理解いたしました。

こうちゃん犬猫まみれ さま
ご指摘のとおり、プロファイルの定義が入っていました。
ダブルトーンの機能を使いましたが、
今回は、単色で特色を指定した次第です。

とくめいさま
グレースケールの写真も入稿時に添付して先方に伝えることにしました。
InDesign上での写真の着色の仕方がまだ分かりませんが
勉強してみます。

みなさま
ありがとうございました。