このへんは参考になりませんか？

http://study-room.info/id/studyroom/cs5/study36.html
http://www.kys-lab.com/sasaki/2011/07/indesign-cs-55-epub-3.php

具体的にどのようなデータかがわからない(InDesignのバージョンもわからない）ですが、一般的なことだけいえば、すべての段落の段落スタイルを適用しておくことと、段組などは使用せず、できるだけシンプルなテキストファイルに近いものにしておくことです。

> その方法しかないのであれば、簡単に解凍⇒圧縮を行う方法やアプリ的なものはないでしょうか？

Sigil
http://code.google.com/p/sigil/
は必携です。無料でしかも高機能。まだepub3には対応していませんが、verticalタグの追加など、簡単にできます。解凍も再圧縮もクリックするだけ。

InDesignのバージョンが分かりませんが、とりあえずこちらを参照してみてください。
http://www.adobe.com/jp/joc/design/guides/epub/index.html
http://www.adobe.com/jp/joc/design/digipub/epub_cs6/epubcs6_01.html

みなさんご回答いただき、ありがとうございます。
説明不足で大変申し訳ありませんでした。

当方の作業は
InDesign CS6を使用し、epub3のデータを作成しています。
元となる原稿は、100ページほどある縦書きの自叙伝(ルビ・写真付き)です。
ビューワーはEspurを使用しています。

>kinさん YUJIさん
ご提示いただいたページを拝見させて頂きました。
epubのファイル構成や、CSS・XHTMLを編集することで縦書き表示のデータを作成することはわかるのですが、そういった設定・作業をepub3データとして吐き出す前に行うことはできないものかと考えております。
せっかくご案内いただいたのに、説明不足で本当に申し訳ありません...。

>Mijanponaさん
Sigilに関しては、とても便利に使用させていただいています。
ただ、epub3のファイルを編集しようとすると、CSSの編集は可能ですが、xhtmlファイルはtoc.xhtmlが開いてしまい、本文の編集ができないかと存じます。
縦組みへの変更だけであればCSSの編集のみで事足りるのですが、XHTMLファイルを変更しないとespurで表示することができず困っております。(認識できていないのか、白地のままページがめくれません)


いまさらですが、当方で行いたい内容としては、
①InDesignCS6の編集のみで、縦組みのespurで表示できるepub3のデータを作りたい。

②InDesignのみでの編集が不可能であれば、epubデータのままでCSS、xhtmlの編集を行いたい。

③epubの解凍⇒再圧縮が避けられない作業である場合、コマンドプロンプト等を使用せず、(アプリにデータを放り込むだけなどで)簡単に解凍・再圧縮をかける方法を知りたい。

の3つです。
かなりわがままな内容なのは重々承知なのですが、もしご存知でしたらご教授いただければ幸いです。

>③
MacであればCleanArchiverという圧縮ソフトがあります。
http://www.sopht.jp/cleanarchiver/