試しに、InDesignからPSファイルを書き出し、
DistillerでPDFを作成してみるとどうでしょうか？
InDesignで生じたズレが、解消されるか確認してみて下さい。

ありがとうございました。
とりあえず、ズレは解消されましたが、
埋め込みFontの中で、
「ShinGoPro-Bold-90pv-RKSJ-H-Identity-Hを
抽出できません」とのメッセージが出て、この
書体のみ化けてしまいます。
Distillerについては詳しくないので、
設定の不備か何かでしょうか。

それと、先にズレを想定してレイアウトを
修正し、それをPDFに変換するという手段を
とってみたのですが、その際、わかったことは
ズレというより、そのレイヤーのみ、微妙に
拡大されている、ということでした。
特に他のファイルと異なった方法を取っている
わけでもなく、このファイルのみの現象なので
原因が全くわかりません。
とりあえず、お教えいただいた方法で、
解消することはわかったのですが。