OS X 10.6の環境で試しましたが、「項目分離」の「見出しに続く」欄の内容を変更すれば、次回以降はそれが引き継がれます。
初期設定ファイルを作り直した場合は、その限りではないでしょうが…

早々のご回答ありがとうございます。

おっしゃる通り、一度削除しておけばページ変動後に索引を書き直す際にはいいのですが、これはあくまでも、同一ファイルの時だけのようなのです。別途、新規にファイルを作ると、またぞろ出てきます。
余談ですが、索引の部分はタグを埋め込んであったので、半角スペースが２つなんて冷や汗が出ました。

デフォルトとして諦めるしかないのかもしれません。

スクリプトでアプリケーションデフォルトを設定できました。

【Apple Scriptの場合】
tell application "Adobe InDesign CS4"
tell index generation options
set following topic separator to ""
end tell
end tell

【JavaScriptの場合】
indexOpt = app.indexGenerationOptions;
indexOpt.followingTopicSeparator = "";

VBは知りませんが、似たようなものでしょう。

解決策、ありがとうございます。
こういうものにも解決策があったのですね。

【Apple Script】や【JavaScript】
敷居が高いようですので、これからの挑戦課題と
させていただきます。

ただ、カーソルを入れないと存在がわからないような
『見えない文字』を、そんなところに入れないでおいて
欲しかったと、アドビさんに対して感じました。