Illustratorに配置された画像は、添付漏れのないように手作業で収集するしかないかもしれませんね。

私の場合、手作業での収集漏れのないよう、Illustratorには画像を配置せず、
InDesign上に配置するようにしています。

> 画像を埋め込みする
自社内では、ベクトル画像／ビットマップ画像を別々にInDesignに配置する方針で作業しています。
そうでなければ（お客様から頂いたデータなど）、可能な限りIllustratorに埋め込み。
埋め込むことにより困ったことは今までに経験しておりませんが、ウマさんの環境では何か心配な点があるのでしょうか？

ご返信ありがとうございます。ただの風景ならよいのですが、（文字等をフォトショップ加工したものとか）イラストレーターの配置画像をいろいろと加工したくなったときに、埋め込みにすると、フォトショップが立ち上がらなくなりしてしまうので、不便な事が多かったのです。

面倒でも編集用はpsd，ai，配置用はeps別保存し，に分ければ問題は解消されると思います。一工程増え，ハードディスクの容量は消費しますけど。