レスが付かないようなので、漠然とで恐縮ですが
IllustratorがInDesignになったところで根本的なデータ管理は変わりありませんのでは。
InCopyまで使われる予定なのでしょうか？

会社さんそれぞれの「慣れた作業法」があると思いますから、
＞大量ですので画像やデータの管理等、
＞制作手順等どのような方法がいいですか。

という疑問こそ、会社さんによって違ってくるもので、
一般論は述べにくい物事です。
コメントが付かない理由はそこにあるのではないでしょうか。

まず、
・illustratorからInDesignに切り替えようとお考えの理由
・何か運用面で致命的な問題があるのか
・あるとした場合、果たしてアプリケーションや
　作業方法を変えて解決できるのか
・結果的には現状維持のほうがいいのではないか
　（操作方法の変更はかなりの負担になるため。
　事故を招きかねません）
これらを再検討していただくのがよいでしょう。

得意先がCS6にして、いままでイラレでの制作環境を徐々にインデザインに移行していきたいとのことで、必然的にそれに合わせていかなければならなくなったためです。

ご事情はわかりましたが、お得意先のみと打ち合わせて先方の望む環境に合わせるべき物事だと思います。
このレス自体、第三者が関わってしまったことになり、かえって御社にご迷惑をおかけしかねません。