ちょうどタイムリーな記事がこちらに載っています。
こちらの「ちくちく日記」を参照してください。

http://d.hatena.ne.jp/akane_neko/20130418/1366236806
http://d.hatena.ne.jp/akane_neko/20130425/1366884740

参照しました。
配置した画像を含むのチェックは入れなくていい　でいいのですよね？
EPS保存と違うようで混乱しますね。
でもなぜ含めなくても出力大丈夫なんでしょうか？
含めてないつもりが含まれてるのですか？

9.0以降ならEPS保存のときも画像含むチェックは外していいですよ。インデザインに配置・プリントしてテストしてみるとよいです。

AI9以降は、EPSあるいはPDF互換で保存した時に、ファイル内に印刷用のデータと編集用のデータを持ちます。
印刷時にはその印刷用のデータが使われるので、編集用のデータ内にリンク画像が入っていなくても印刷には支障ありません。

驚愕の新事実！！です。
EPS保存でも画像含むチェックを入れなくて出力　大丈夫でした！（知らなんだーーー！！）

でもチェックを入れずに保存しようとすると
『別のアプリケーションで……プリントしたりする場合は、「ファイル埋め込み」を選択して下さい。』と出ますよね。
騙されてた～

画像を含むチェック入れなくていいとは目から鱗です。フォントと画像は絶対含めないといけない「鉄則」と思いこんでました。
ネイティブファイル（PSD）貼り込みを推奨というわりには、互換ファイルやEPSを再度開くと埋め込みになって、EPS画像のようにリンクが維持されないのに推奨とは、どうなんだろと思っていました。
PDF互換もEPS保存でも画像を含めるオプションは、編集データ部分のことで、イラレ９以降では出力配置用データ部分には必ず含まれるんですね。
勉強になりました。

配置画像を含まない選択は、データの編集ができないことを意味します。ですから、多くの場合含めてください..といわれるともいます。
まぁ、自己責任ということで。

※言葉が足りなかったので、書き直しです_o_

配置画像を含まない選択は、（配置データを別途入れない限り）データの編集ができないことを意味します。ですから、多くの場合含めてください..といわれるとおもいます。
まぁ、自己責任ということで。