レスがつかないようなので。

> 当方の環境はMacOS10.4.11でInDesignCS3（5.0.2）を使っております。
> CS2を使う時は標準で組み込まれているPDF/x-1aで書き出して出力センターに渡しております。
> ところがCS3の標準で組み込まれているPDF/x-1aで書き出して出力センターに渡すとRIPでエラーになる

最近はバグ情報をこまめにチェックしていないのですが、これは
非常にまれなケースではないかと思います。
PDF/X-1a直接書き出しで問題になるのは、おもに品質面の話が
多くて（例に挙げられたマスク云々とか）、出力したPDF自体が
まったく出力できないというのはあまりなかったと思います。

> 出力センターからはその詳細経緯の説明はありませんでした。

プリナジーは知りませんが、TrueFlowはPitstopを通すだろうと
思うので、エラーについて説明できると思うのですが…
レスがつかないのもこのあたりがみなさん？なのかも。

現物ファイルが見れないので想像でしか書けないのですが

1.設定の手違いで実はPDF/Xになっていない。
（念のためAcrobat Pro等のプリフライトでチェックしてみる）
2.透明効果が重なるなどかなり複雑な構造のため分割の際に
InDesignCS3にしかない不具合が生じた。

くらいしか思いつきません。
ただ1.については考えにくいですから、2.しかないような(^^;)
2.であれば出力センターもスクリーンにチェック依頼を出すと
思う（おそらく無料サポートの範囲）のですが…
お役に立てずにごめんなさい。

当方は、製版業務に携わるものです。

この半年で私が出会ったindesinCS３関連の不具合というか失敗というか、
をいくつか伺ってみたいです。
「なべ」さんの例のような（詳細は私も不鮮明）TrueFlowのRipにおける
PSエラーはありませんが、indesignに張込んだ特色画像にindesign上で
“ぼかし”などの効果を施して書き出したPDF/X1-aの特色は、TrueFlowからは出力できませんでした。
indesignファイルの入稿だったので、セパレーションでPSを書き出して対処。ところが、TrueFlowでその特色の疑似色値の設定がされていないと返答。この場合、できるかできないかは、出力してみないとわかりません。

CS２ではここら辺の問題はなかったのですが、どうやらindesignCS3から書き出すPSは、どーもおかしい。

どなたか検証されたかた、いらっしゃいましたらお願いします。
また後程。

m_ogawa様　tomo様
レスいただきありがとうございます。

早速ですが、m_ogawa様からご指摘頂いた
1.設定の手違いで実はPDF/Xになっていない。
については当方でCS3から書き出したPDFをAcrobatでプリフライトして
エラーがない状態を確認した上で出力様へお渡ししました。

2.透明効果が重なるなどかなり複雑な構造のため分割の際に
InDesignCS3にしかない不具合が生じた。
当方のデータを簡単にご説明しますと、背景に全面インデザイン上でグラデーションが入っておりまして、
その前面には角版画像切り抜き画像が配置され、更にその前面にぼかし効果を使った文字や画像も配置されており、かなり凝った作りになっております。

tomo様からご指摘頂いた特色は使っておりませんが、ぼかし効果を多用しています。
やはりこの辺が引っ掛かっているのかも知れませんね。

本題ですが、PDFは直接書いて出力様に渡すのがよいのかPS経由がよいのか
なんですが、両方とも出力してみないとわからないという事になるのでしょうか。
DesignStandardで購入していればAcrobat8は同梱されてますが、
単体で購入している場合、別途Acrobat購入も考えなければいけないなど。
もう少し慎重に検証をしないとならなそうですね。

> 両方とも出力してみないとわからないという事になるのでしょうか。

私はそう思います。
よくわからないのは

> PS経由DistillerでPDFを書き出して下さいと言われました。

という出力センターさん側の根拠です。
エラーのログやPitstopのプリフライトから原因を推測できていて、
根拠があってそういう指示をしているのか…
（できていれば多少は説明してくれていいと思うのですが(^^;）
正直、出力センターさんに確証があるような感じがしないので。

> tomo様からご指摘頂いた特色は使っておりませんが、ぼかし効果を多用しています。
> やはりこの辺が引っ掛かっているのかも知れませんね。

RIPがご機嫌を損ねる程度は必ずしも人間から見た目と一致しない
ところがあって難しいです。
なお、念のため申しますと私の推測はいい加減な経験則です。
信頼度は谷村ひとしのパチンコ攻略法（古い？）程度のものですw

オカルトついでにもうひとつ、PDFをAdobeReader等で開く時に、
画面表示に異常に時間がかかるPDFはRIPから見て厳しいことが
多い気がします。（あくまで根拠のない経験則です）
もしそうならデータ作りの際はそのあたりに留意してシンプルな
構造になるように工夫はしたほうがいいのかもしれません。
（たとえば背景はなるべく軽いラスタ画像にする、とか）
その方がサクサクと作業もしやすいでしょうし。

長々と失礼、あくまで参考ということでお願いします。

追加修正：
もしかしてページ数が結構あるのでしょうか、100頁以上とか？

m_ogawa様
> 追加修正：
> もしかしてページ数が結構あるのでしょうか、100頁以上とか？
ページ数は16ページ程度です。

スクリーンさんのHPにTrueflow-PrintUtilitiesMac2.4というのがあったので
それに入っているジョブオプションなどを検証してみることにします。
できればInDesignから直接書き出す方が効率が良いので模索してみます。
色々とありがとうございました。(^^

>本題ですが、PDFは直接書いて出力様に渡すのがよいのかPS経由がよいのか

PostScriptを書いてからDistillerでPDF変換した方が、より問題が起きにくい
と思います。

私の経験ですが、Adobeの比較的新しいアプリで直接書いたPDF（or PDF/X）は
RIPで演算自体かからない場合がありました。
一度や二度ではなく何度もありますし、全て制作元は異なったところです。
明確にエラーコードがでれば（たとえばshfillならグラデだよね、とか）対処
のしようはあるのですが、
演算自体行われないのではやりようがありません。
こういうPDFはAcrobatでEPSやPostScriptに変換しても（また、それをdistillしても）、大抵結果は同じです。
また、フォントはすべて埋め込まれているのに、出力してみるとあっちこっち
にミッシンググリフ（四角の中にバッテンのあれね）が出てるとか
そんなトラブルもありました。
対応方法はその都度変わり、単にAcrobatで別名保存したらすんなり出たとか
RIPで解像度を変更（3600dpiを2400dpiに、とか）したら出たとか一定しません。
InDesignにPDFを配置し、PostScriptを書き出してdistill、再PDF化したら出た、とかもあります。
多くのPDFはAcrobatのプリフライトでは問題が出ないため、
RIPの方の問題なのだろうな、とは思います。
現在、各印刷会社や出力センターなどにあるRIPはほとんどがCPSI型のRIPでしょう。
となるとPDFも内部でいったんPostScript変換され、ラスタ化されるので
もともとPostScriptだったPDF（アプリ直書きでないPDF）のほうが
問題が起きにくいというのはかなり事実に近いと思います。

もうひとつ、アプリがPDFを直に書くときのしくみとPostScriptを書くとき
のしくみは違うものです。
違うプログラムが担当しているはずです。
InDesignでは昔っから、配置されたEPS（あるいはそこに使われているフォント）の解析に失敗する、という不具合があります（CS3でどうなってるかは知りませんが）。
この場合、直接PDF保存すると文字がずれたりします。
こういうのを避けるため、敢えて面倒でもPS経由Distiller使用でPDFを
作ります。
その方が問題が起きにくくなるので。
誤解しないでいただきたいのですが、アプリ直書きのPDFがまったく出力できない
というわけではありません。多くは出力できるはずです。