レスつかずのようなので、一般論を…

>マシン自体はImacでそんなにスペックのいいものは使用しておりません。

まず改善するとすれば、このポイントです。
これにより、

>作業の途中で意匠の一部が見えなくなる現象がでます。
の症状が改善すれば無問題だと思います。

>その時に出力すると出力もされず。。。
経験上、PDF出力すると画面表示と異なる出力結果になることが稀にあります。
書き出し時の不具合なのか分かりませんが、
もう一度PDFを書き出すと不思議なことに、正しい結果が得られたりしました。

>テキストBOX→囲み罫付きテキストBOX→表（囲みとして使用）の
の部分の作り方については、当方の想像力が乏しくて
把握できませんでしたが、
インラインオブジェクトや表組の合わせ技で
データ自体がオブジェクトのネスト状態になっていると
重く感じることはあります。

ハズしていたらすみませんが、
なにかのヒントになれば幸いです。

お返事ありがとうございます。
返事が遅くなってすいません。

アプリの最新までアップデート（アップデートできなかったので再インストール）、メモリを増設で現象がでなくなりました。。。