作業用にAdobeRGBとするなら、モニターはAdobeRGB対応なのでしょうか？まずモニターのキャリブレーションを正しく行わないと、ターゲットプロファイルを指定したからといって良好な印刷結果なのかどうか、判定つかないと思います。

はい。対応しています。

>ドキュメントを開くときにアラートが出てしまうのです。

カラー設定で「開くときに確認」のチェックを外せばアラートは出ません。以下の理由を理解されているならば「開くときに確認」のチェックを外してもかまいません。

もし、全て、カラープロファイル（やタグ）を埋め込んでいないCMYK画像だけ使用する運用であれば、「開くときに確認」のチェックを外してもかまいません。
特にInDesign CS2では、ポリシーに番号を保持（ = カラーよりもCMYK%値を維持することを優先）を選択できますので、これを選択していればより安心です。
ポリシーをオフにした場合と違うのは、似て異なるCMYKカラースペース同士の再変換（多くの場合に好ましくない結果になる）を防止できることと、ドキュメントのカラースペースだけは.inddに保存されることです。
#ちなみに、もともと全く同じプロファイル同士は変換指示しても変換されないことを知っているといろいろ便利です。

もし、RGB画像を配置する運用の場合は、次の点に注意してください。#InDesignドキュメントに限らず一般的なRGB運用の説明として
画像データやドキュメントは、
・ソースカラープロファイル（又はタグ）が埋め込まれている
・ソースカラープロファイル（又はタグ）が埋め込まれていない
・ソースカラープロファイル（又はタグ）が正しくない
という3パターンの可能性があります。3パターンのデータを取り扱うために、最低3つの選択肢があると思ってください。
・ソースカラープロファイル（又はタグ）を作業用スペースに変換（ソース側に埋め込まれていない場合は変換されず、作業用プロファイルと同じとして認識される）
・ソースカラープロファイル（又はタグ）を保持（ソースに埋め込まれたプロファイルやタグは維持され、ソース側に埋め込まれていない場合は作業用プロファイルと同じとして認識される）
・ソースカラープロファイル（又はタグ）を破棄（ソース側に埋め込まれていてもいなくても、作業用プロファイルと同じとして認識される）
場面によって用語は様々になりますが、3つのうちどれにあてはまるか考えれば、きっと分かると思います。

これだけ理解できたら、ドキュメントを開くときのアラートに対しても何と答えればよいか分かるはず。
#もしくは、InDesignだって安易にRGB画像使っちゃいけないと分かるはず ^^;

p.s.
>印刷するときのソースとデスティネーションのプロファイルの指定をきちんとすれば、良好な印刷結果が得られるのでしょうか。

pi&puさんのコメントを補足するようになりますが、アプリケーションがモニタの情報を得られなければ、画面表示が正しくなりません。
つまり、アプリ以外のとある場所に、モニタの情報を登録しておく必要があるのですが、お読みになられた参考書に書いてありますか？
（書いてない本がたまにあるので、ご注意ください）

ＭＭ岩手さん
大変丁寧なご解答、本当にありがとうございます。
アドバイスを読ませていただいて、私なりに次のように考えました。

使用するのは私のデジカメの画像なので、全てｓＲＧＢのタグが埋め込まれています。それで、「作業スペースに変換する」と「保持する」は同じ結果になるので、どちらかを選べば良いということですね。ただ、
＜#もしくは、InDesignだって安易にRGB画像使っちゃいけないと分かるはず ^^;
この部分の意味がよく分かりません。

また、
＜アプリ以外のとある場所に、モニタの情報を登録しておく必要があるのですが、お読みになられた参考書に書いてありますか？
とありますが、書いてないので、書いてある本を探してみようと思います。

いろいろ有難うございます。

# 印の行は気にしないでください。

> 使用するのは私のデジカメの画像なので、全てｓＲＧＢのタグが埋め込まれています。それで、「作業スペースに変換する」と「保持する」は同じ結果になるので、どちらかを選べば良いということですね。

仮に、現在の作業用RGBカラースペースがsRGBならばそういうことになりますね。

# 大きく違わないと思いますけれども念のため ^^;

MM岩手さん
再度のお返事ありがとうございます。
なんか、すっきりした気持ちです。
悩まずにやってみようと思います。
有難うございました。