インデントは（横組の場合）テキストフレームの左端から●mm、という計算をしているので、左側に回りこみを設定したものが入ると意図通りのインデントにならない仕様です。バージョンどうこうとか、バグとか、そういうものではないと考えています（もちろん、そういうケースでもきちんと処理されるようになれば嬉しいですけどね）。
ですので、そういったケースではインデントを使わない別の方法で対処する必要があります。具体的には、行頭にスペース等を挿入し、適当なところで「ここまでインデント文字」を挿入する、もしくは文字組みアキ量で無理やり対処する（行頭字下げ）などです。
過去にも同じような質問があるようなので、そちらも参考にしてみてください。

これ、できるようになってほしいですね。

本文中に、図版がたくさんあり、引用（字下げ）もたくさんあるような内容の書籍だと、
現状ではすごく不便。
上記のようないろんな裏技で最終的な仕上がりを調整することは出来るけど、
校正段階で文章の増減などがあると体裁が崩壊するので、
〈インデント〉ではなく〈字下げ〉の機能がほしいです～

力技ですが、こんな対処法もあります。

https://forums.adobe.com/thread/1865052