doc.pages[0].appliedMaster = doc.masterSpreads.add(3);
でとりあえずマスターページが3頁には出来るんですが、、、その後が、、、、

呼びました？
ちょっとイメージが湧かないのですが、添付図のようなものですかねえ。
これでよければ手作業で作成できるので、スクリプトでも作成できます。

作ってる暇があるかというと...

そうです！
まさしくイメージどおりです！
簡単では、、、ないんですね。いろいろやってはみたのですが、出来なくて。。。お時間あるときに作成していただくことは可能でしょうか？

いや、単に「自分が使わないものはタダでは作らない」だけなんですよ。あとあとメンテナンスが発生したりすると面倒なので。

疑問点が2つあります。
【1】
そもそもこのスクリプトを必要とするのはどんな時ですか。どれくらいの頻度がありそうですか。単に大きさの異なるページを並べるだけならスクリプトを作らずとも、手作業ですぐにできちゃいます（といいつつ5分ほど試行錯誤しましたが）。わざわざスクリプトにしなければならない理由を教えてください。
【2】
出来上がったスクリプトだけ欲しいのでしょうか。それともスクリプトを勉強したい（あとから自分で変更するとか、応用して別のスクリプトを作成したい）のでしょうか。後者の場合は、私だけでなく、これを見ているスクリプト使いの人たちが教えてくれると思いますよ。

とりあえずは、図のようなページ配置ができるかどうか、ご自分でやってみてください。そうすればスクリプトで処理する手順も見えてきますよ。

【1】について
　現在表紙の制作は仮にA4だとするとA3＋背幅のサイズで制作していましたが、その際、背のトンボを手動で付けています。
　そこで、この方法のやり方を知り、手動でページサイズの変更等作業をしていたのですが、このスクリプトを知り使用させていただいております。この方法だとトンボを付けなくても見開き印刷をすればトンボは手動で付けなくていいのも知りました。
　在版改版のものもこの形に全て変更していくつもりなので使用頻度は頻繁にあります。マスターとドキュメントページは同じでないといけないのは、マスターで基本を作成し、ドキュメントで変更という作業をしているものもあるからです。
【2】について
　欲を言えば出来上がったスクリプトが頂けると幸いですが、助言でも結構です。いまのところ前のコメントでも書いたようにマスターページを３頁にするところまでいきました。そこから【マスターページの２頁を選択】、【ページ幅の変更】という具合にしていきたいと思います。

var myDoc = app.activeDocument;
var myPage = myDoc.masterSpreads.item(1);
myPage.appliedMaster = myDoc.pages.item(1);

ドキュメントページをマスターページに適用させる方法の方がいいのかな。これだとエラーが出るToT

分からないのででたらめですが…
doc = app.activeDocument;
aaa = doc.masterSpreads.add(5);
aaa.pages[1].resize(1768844080, [0, 0], 1215264592, [-200, 0]);
aaa.pages[3].resize(1768844080, [0, 0], 1215264592, [-200, 0]);

dotさん
ありがとうございます！
resizeを使わないとできなかったんですね。気づきませんでした！
おかげで解決しそうです。
お～まちさん、dotさん、あらためてありがとうございました！

dot さん、ありがとうございます。

必要な命令はすべて
http://indesign.cs5.xyz/idjs/idjscover.html
からダウンロードするスクリプト中に書いてあります。

マスターページの場合は、どのオブジェクトにどの順でどの命令を実行するかが異なるので、手順を確認しながら試していけばできると思います。

では失礼します。