データ書き出しではなく、ファイル→プリントを選択してください。
ダイアログで、プリンタを「Adobe PDF」（インストール環境によっては「Acrobat Distiller」かもしれません）にし、「逆順」チェックを選択すればOKです。

いしさんの所でDistillerを持っているならプリントで「Adobe PDF」プリンタでＯＫですが、
Distillerをお持ちでない時（InDesign単体で）ということであれば下記のようにデータ書き出しで
ページ番号に任意で「172,171…（長いから省略）,2,1」のように入力すれば、一応逆順出力できます。

下の記述は私が興味津々で作ったものですので、参考になれば幸いです。

下記スクリプトをテキストエディタにコピペして、プレーンテキスト「SHIFT-JIS」で保存します。
拡張子をVBSに直して、スクリプトパレットが認識できるように該当するフォルダにVBSファイルをコピーします。
目的のドキュメントを開いて、スクリプトパネルから実行すると、「OK!」と表示されますので、InDesignの検索／置換
ダイアログを表示させて検索文字列の所（ノンブルを逆順に得てカンマで結合した文字列が代入されています）を
コピーして「完了」でダイアログから抜けて、データ書き出しでページ番号にペーストすると…ラクチンです。

※動作確認はノンブルだけ表示するページを1000ページ作り、実際にデータ書き出しでページ番号にコピペして確認してあります。


'環境
'OS: Xp
'App: InDesign CS 3.0.1 April 2005 (CS2 Compatibility) update
'---------------------------------------------------
Set MyApp = CreateObject("InDesign.Application.CS")
With MyApp.ActiveDocument
For PP = .Pages.Count To 1 Step -1
PageNumbers = PageNumbers + .Pages(PP).Name & ","
Next
End With
'カンマ１つ多いので削除
PageNumbers = Left(PageNumbers, Len(PageNumbers) - 1)
MyApp.FindPreferences.FindText = PageNumbers
Set MyApp = Nothing
MsgBox "OK!"
'---------------------------------------------------


＃長くてすみません。

＞いき様、流星様

ありがとうございます。
とりあえず、Distillerでの逆丁で対応します。

スクリプトの方は後ほどやってみます。