はじめまして。
某ブログのコミュニティにも投稿させていただいたのですが、
一応こちらにもご報告ということで。

[8461]の方と似たような現象が私のところでも起きています。

ＡというWinXPマシンで作成した
InDesign CS2ファイルのほとんどのテキストフレーム（フレームグリッドも含む）を
同ドキュメント内・別ドキュメント間でコピー＆ペーストすると

1.アプリケーション自体に設定済み（ドキュメントに登録していない）の
　文字組みアキ量が勝手に登録されてしまう
　（アプリケーション自体からその設定を削除しても状況は変わらず）
2.アプリケーションにもドキュメントにも設定のない「行末約物半角」が適用される
3.禁則処理が「弱い」から「強い」になってしまう

1に関してはBというWinXPマシンで
ファイルを上書き保存すると現象はなくなりました。
が、2と3は依然発生します。
そこで段落に適用されていた「基本段落スタイル」とのリンクを切断して
コピー＆ペーストをしたところ現象は発生しませんでした。

2行目に「ほとんどのテキストフレーム」と書きましたが
一部「基本段落スタイル」を適用していないテキストフレームに関しては
これらの現象は発生しませんでした。

これって基本段落スタイルが悪さしていたと考えていいのでしょうかね？


またもう一つこれに関連した問題が発生しています。
上記でも書いたＢマシンでコピー＆ペーストをしたところ
OTF中ゴが小塚明朝ミディアムに変わってしまいました。
こちらはスタイルのリンクを切断しても解決しませんでした。
ＡとＢにはフォント関係やシステム関係で大きく異なる部分はないということでした。

とりあえずご報告まで。